seq1 = pF1KE5407.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KE5407/gi568815589r_128209553.tfa (gi568815589r:128209553_128422408), 212856 bp

>pF1KE5407 993
>gi568815589r:128209553_128422408 (Chr9)

(complement)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-241  (100679-100810)   100% ->
242-316  (105183-105257)   100% ->
317-378  (106781-106842)   100% ->
379-460  (108520-108601)   100% ->
461-533  (110808-110880)   100% ->
534-670  (111386-111522)   100% ->
671-993  (112534-112856)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGTCTGCTGGCTTGTCGCGGCTGCATGGGCTTTTCGCGGTCTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGTCTGCTGGCTTGTCGCGGCTGCATGGGCTTTTCGCGGTCTATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCCCGGGGCTAAAATGGAAGCACCTGCGGGATACAGTGGAGCTACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCCCGGGGCTAAAATGGAAGCACCTGCGGGATACAGTGGAGCTACAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTCTGAAGG         GTCTCAATGCCAGGAAGCCTCCCGCTCCTAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTCTGAAGGGTG...CAGGTCTCAATGCCAGGAAGCCTCCCGCTCCTAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCGTGTTCGCTTCTTGCTGGGCCCCATGGAAGGCAGCGAAGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100711 CAGCGTGTTCGCTTCTTGCTGGGCCCCATGGAAGGCAGCGAAGAGAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGACCCTCACAGCCACCAGCGTACCCTCTTTCATCAACCATCCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100761 GCTGACCCTCACAGCCACCAGCGTACCCTCTTTCATCAACCATCCACTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242          TATGTGGACCAGCATTCGCCCATCTCAAGGTTGGCGTGGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100811 GTA...CAGTATGTGGACCAGCATTCGCCCATCTCAAGGTTGGCGTGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATCGGTTGGATGCCCAGGCTTCTGGAGTACTTG         TGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105224 CATCGGTTGGATGCCCAGGCTTCTGGAGTACTTGGTA...CAGTGCTCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGTGGGACATGGATGCAGGCTCCTCACCGATATGTACAATGCTCATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106788 CGTGGGACATGGATGCAGGCTCCTCACCGATATGTACAATGCTCATCTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAAG         GATTACACAGTGCGTGGCCTCCTGGGCAAAGCTACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106838 CCAAGGTA...AAGGATTACACAGTGCGTGGCCTCCTGGGCAAAGCTACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATGACTTCCGTGAGGACGGGAGGCTGGTAGAGAAGACAACCTATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108556 GATGACTTCCGTGAGGACGGGAGGCTGGTAGAGAAGACAACCTATGGTG.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    461      ACCACGTGACCAGAGAGAAGCTGGACCGCATTCTGGCCGTTATCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108606 ..CAGACCACGTGACCAGAGAGAAGCTGGACCGCATTCTGGCCGTTATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAGGCTCCCATCAGAAGGCCCTGGTGAT         GTACTCCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 110853 AAGGCTCCCATCAGAAGGCCCTGGTGATGTG...CAGGTACTCCAACCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACCTGAAGACCCAGGAGGCCTATGAGATGGCCGTGAGAGGCCTGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111399 GACCTGAAGACCCAGGAGGCCTATGAGATGGCCGTGAGAGGCCTGATCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCCCATGAACAAGTCCCCGATGCTGATAACTGGCATCCGATGCCTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111449 GCCCATGAACAAGTCCCCGATGCTGATAACTGGCATCCGATGCCTCTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTGCACCTCCGGAATTCCTCTTAG         AGGTGCAGTGCATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111499 TTGCACCTCCGGAATTCCTCTTAGGTA...CAGAGGTGCAGTGCATGCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAGACGCAGAAAGAGCTGCGGAAGTTGGTTCATGAAATCGGCCTGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112551 GAGACGCAGAAAGAGCTGCGGAAGTTGGTTCATGAAATCGGCCTGGAACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AAAGACCACTGCTGTCTGCACCCAAGTGCGGCGCACGCGCGACGGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112601 AAAGACCACTGCTGTCTGCACCCAAGTGCGGCGCACGCGCGACGGCTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCACGCTAGACAGTGCCCTCCTGAGGACCCAGTGGGACCTAACCAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112651 TCACGCTAGACAGTGCCCTCCTGAGGACCCAGTGGGACCTAACCAACATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGGATGCTATCCGGGCTGCTACCCCTCAGGTAGCTGCAGAGCTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112701 CAGGATGCTATCCGGGCTGCTACCCCTCAGGTAGCTGCAGAGCTGGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAGCTTGAGCCCGGGGCTGGACACCAAGCAGCTCCCCAGTCCGGGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112751 GAGCTTGAGCCCGGGGCTGGACACCAAGCAGCTCCCCAGTCCGGGATGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCTGGGACTCCCAGGGCCCGAGCTCTACCTTGGGGCTGGAGAGGGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112801 CCTGGGACTCCCAGGGCCCGAGCTCTACCTTGGGGCTGGAGAGGGGTGCG

   1050     .
    988 GGGCAG
        ||||||
 112851 GGGCAG