seq1 = pF1KE5404.tfa, 930 bp
seq2 = pF1KE5404/gi568815589r_96135463.tfa (gi568815589r:96135463_96402104), 266642 bp

>pF1KE5404 930
>gi568815589r:96135463_96402104 (Chr9)

(complement)

1-154  (100001-100154)   100% ->
155-201  (103643-103689)   100% ->
202-277  (147162-147237)   100% ->
278-385  (149195-149302)   100% ->
386-453  (150620-150687)   100% ->
454-489  (152319-152354)   100% ->
490-524  (155515-155549)   100% ->
525-606  (156679-156760)   100% ->
607-672  (157711-157776)   100% ->
673-822  (161198-161347)   100% ->
823-930  (166535-166642)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGACGTCCTGGAACAGTTCTTCATCCTCACAGGGCTGCTGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGACGTCCTGGAACAGTTCTTCATCCTCACAGGGCTGCTGGTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGCCTGCCTGGCGAAGTGCGTGAGATTCTCCAGATGTGTTTTACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGCCTGCCTGGCGAAGTGCGTGAGATTCTCCAGATGTGTTTTACTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTACTGGAAAGTTTTGCCAAAGTCTTTCTTGCGGTCAATGGGACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTACTGGAAAGTTTTGCCAAAGTCTTTCTTGCGGTCAATGGGACAGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAG         TGATCACTGGAGCAGGCGATGGAATTGGGAAAGCGTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAGGTA...CAGTGATCACTGGAGCAGGCGATGGAATTGGGAAAGCGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCGTTCGAG         CTAGCAAAACGTGGACTCAATGTTGTCCTTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103680 CTCGTTCGAGGTA...CAGCTAGCAAAACGTGGACTCAATGTTGTCCTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTAGCCGGACGCTGGAAAAACTAGAGGCCATTGCCACAGAGATCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 147193 TTAGCCGGACGCTGGAAAAACTAGAGGCCATTGCCACAGAGATCGGTG..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    278     AGCGGACTACAGGGAGGAGTGTGAAGATTATACAAGCAGATTTTAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147243 .TAGAGCGGACTACAGGGAGGAGTGTGAAGATTATACAAGCAGATTTTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAAAGATGACATCTACGAGCATATTAAAGAAAAACTTGCAGGCTTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149241 AAAAGATGACATCTACGAGCATATTAAAGAAAAACTTGCAGGCTTAGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGGAATTTTAG         TCAACAATGTCGGAATGCTTCCAAACCTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 149291 TTGGAATTTTAGGTG...CAGTCAACAATGTCGGAATGCTTCCAAACCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTCCCAAGCCATTTCCTGAACGCACCGGATGAAATCCAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 150649 CTCCCAAGCCATTTCCTGAACGCACCGGATGAAATCCAGGTA...CAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCTCATCCATTGTAACATCACCTCCGTAGTCAAG         ATGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 152321 CCTCATCCATTGTAACATCACCTCCGTAGTCAAGGTA...TAGATGACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGCTAATTCTGAAACATATGGAATCAAG         GCAGAAAGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 155522 AGCTAATTCTGAAACATATGGAATCAAGGTA...CAGGCAGAAAGGTCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 ATCCTGAACATTTCTTCTGGGATAGCCCTGTTTCCTTGGCCTCTCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156692 ATCCTGAACATTTCTTCTGGGATAGCCCTGTTTCCTTGGCCTCTCTACTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CATGTACTCAGCTTCCAAG         GCGTTTGTGTGCGCATTTTCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 156742 CATGTACTCAGCTTCCAAGGTG...CAGGCGTTTGTGTGCGCATTTTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 AGGCCCTGCAAGAGGAATATAAAGCAAAAGAAGTCATCATCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 157733 AGGCCCTGCAAGAGGAATATAAAGCAAAAGAAGTCATCATCCAGGTG...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    673    GTGCTGACCCCATATGCTGTCTCGACTGCAATGACAAAGTATCTAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161195 TAGGTGCTGACCCCATATGCTGTCTCGACTGCAATGACAAAGTATCTAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TACAAATGTGATAACCAAGACTGCTGATGAGTTTGTCAAAGAGTCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161245 TACAAATGTGATAACCAAGACTGCTGATGAGTTTGTCAAAGAGTCATTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 ATTATGTCACAATTGGAGGTGAAACCTGTGGCTGCCTTGCCCATGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161295 ATTATGTCACAATTGGAGGTGAAACCTGTGGCTGCCTTGCCCATGAAATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TTG         GCGGGCTTTCTGAGCCTGATCCCGGCCTGGGCCTTCTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161345 TTGGTA...AAGGCGGGCTTTCTGAGCCTGATCCCGGCCTGGGCCTTCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CAGCGGTGCCTTCCAAAGGCTGCTCCTGACACACTATGTGGCATACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166573 CAGCGGTGCCTTCCAAAGGCTGCTCCTGACACACTATGTGGCATACCTGA

   1000     .    :    .    :
    911 AGCTCAACACCAAGGTCAGG
        ||||||||||||||||||||
 166623 AGCTCAACACCAAGGTCAGG