seq1 = pF1KE5402.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE5402/gi568815591r_75896471.tfa (gi568815591r:75896471_76130523), 234053 bp

>pF1KE5402 939
>gi568815591r:75896471_76130523 (Chr7)

(complement)

1-103  (100001-100103)   99% ->
104-165  (101821-101882)   100% ->
166-307  (108532-108673)   100% ->
308-453  (116637-116782)   100% ->
454-599  (125120-125265)   100% ->
600-697  (126669-126766)   100% ->
698-810  (129522-129634)   99% ->
811-939  (133925-134053)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGGTTTGCTTTTATGTGAACCGACAGAGCTTTACAACATCCTGAA
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGGTTTGCTTTTATGTGAACCAACAGAGCTTTACAACATCCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGGCCACAAAACTCTCCAGATTAACAGACCCCAACTATCTCTGTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGGCCACAAAACTCTCCAGATTAACAGACCCCAACTATCTCTGTTTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGG         ATGTCCGTTCCAAATGGGAGTATGACGAAAGCCATGTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGTA...CAGATGTCCGTTCCAAATGGGAGTATGACGAAAGCCATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCACTGCCCTTCGAGTGAAGAAG         AAAAATAATGAATATCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101859 ATCACTGCCCTTCGAGTGAAGAAGGTA...AAGAAAAATAATGAATATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTCCCGGAGTCTGTGGACCTGGAGTGTGTGAAGTACTGCGTGGTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108549 TCTCCCGGAGTCTGTGGACCTGGAGTGTGTGAAGTACTGCGTGGTGTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATAACAACAGCAGCACCCTGGAGATACTCTTAAAAGATGATGATGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108599 ATAACAACAGCAGCACCCTGGAGATACTCTTAAAAGATGATGATGATGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCAGACTCTGATGGTGATGGCAAAG         ATCTTGTGCCTCAAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108649 TCAGACTCTGATGGTGATGGCAAAGGTG...CAGATCTTGTGCCTCAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCCATTGAGTATGGCAGGATCCTGACCCGCCTCACCCACCACCCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116653 AGCCATTGAGTATGGCAGGATCCTGACCCGCCTCACCCACCACCCCGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACATCCTGAAAGGGGGCTATGAGCGCTTCTCAGGCACGTACCACTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116703 ACATCCTGAAAGGGGGCTATGAGCGCTTCTCAGGCACGTACCACTTTCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGGACCCAGAAGATCATCTGGATGCCTCAG         GAACTGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116753 CGGACCCAGAAGATCATCTGGATGCCTCAGGTA...CAGGAACTGGATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATTTCAGCCATACCCCATTGAAATCGTGCCAGGGAAGGTCTTCGTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125131 ATTTCAGCCATACCCCATTGAAATCGTGCCAGGGAAGGTCTTCGTTGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTTCAGTCAAGCCTGTGACCCCAAGATTCAGAAGGACTTGAAAATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125181 ATTTCAGTCAAGCCTGTGACCCCAAGATTCAGAAGGACTTGAAAATCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCCATGTCAATGTCTCCATGGATACAGGGCCCTT         TTTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 125231 GCCCATGTCAATGTCTCCATGGATACAGGGCCCTTGTA...TAGTTTTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGGCGATGCTGACAAGCTTCTGCACATCCGGATAGAAGATTCCCCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126675 AGGCGATGCTGACAAGCTTCTGCACATCCGGATAGAAGATTCCCCGGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCAGATTCTTCCCTTCTTACGCCACATGTGTCACTTCATTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 126725 CCCAGATTCTTCCCTTCTTACGCCACATGTGTCACTTCATTGGTA...CA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    698  AAATTCACCATCACCTTGGCTCTGTCATTCTGATCTTTTCCACCCAGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 129521 GAAATTCACCATCACCTTGGCTCTGTCATTCTGATCTTTTCCACCCAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TATCAGCCGCAGTTGTGCCGCCATCATAGCCTACCTCATGCATAGTAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129571 TATCAGCCGCAGTTGTGCCGCCATCATAGCCTACCTCATGCATAGTAACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCAGACCTTGCAG         AGGTCCTGGGCCTATGTCAAGAAGTGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 129621 AGCAGACCTTGCAGGTA...TAGAGGTCCTGGGCCTATGTCAAGAAGTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAAAACAACATGTGTCCAAATCGGGGATTGGTGAGCCAGCTGCTGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133952 AAAAACAACATGTGTCCAAATCGGGGATTGGTGAGCCAGCTGCTGGAATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAGAAGACTATCCTTGGAGATTCCATCACAAACATCATGGATCCGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134002 GGAGAAGACTATCCTTGGAGATTCCATCACAAACATCATGGATCCGCTCT

   1000 
    938 AC
        ||
 134052 AC