seq1 = pF1KE5401.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE5401/gi568815579f_38219951.tfa (gi568815579f:38219951_38427400), 207450 bp

>pF1KE5401 939
>gi568815579f:38219951_38427400 (Chr19)

1-322  (100001-100322)   100% ->
323-718  (106643-107038)   100% ->
719-939  (107230-107450)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGAGGGGCGCGCTTCTGGCGGGCGCCTTGGCCGCGTACGCCGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGAGGGGCGCGCTTCTGGCGGGCGCCTTGGCCGCGTACGCCGCGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGTGCTGGGCGCGCTGTTGGTGGCGCGGCTGGAGGGGCCGCACGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGTGCTGGGCGCGCTGTTGGTGGCGCGGCTGGAGGGGCCGCACGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGGCTCCGAGCCGAGCTGGAGACGCTGCGGGCGCAGCTGCTTCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAGGCTCCGAGCCGAGCTGGAGACGCTGCGGGCGCAGCTGCTTCAGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCCCGTGTGTGGCTGCCCCCGCCCTGGACGCCTTCGTGGAGCGAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCCCGTGTGTGGCTGCCCCCGCCCTGGACGCCTTCGTGGAGCGAGTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCGGCCGGACGGCTGGGGCGGGTCGTGCTTGCTAACGCTTCGGGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCGGCCGGACGGCTGGGGCGGGTCGTGCTTGCTAACGCTTCGGGGTCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAACGCCTCGGACCCCGCCTGGGACTTCGCCTCTGCTCTCTTCTTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAACGCCTCGGACCCCGCCTGGGACTTCGCCTCTGCTCTCTTCTTCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCACGCTGATCACCACCGTGG         GCTATGGGTACACAACGCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100301 AGCACGCTGATCACCACCGTGGGTA...TAGGCTATGGGTACACAACGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACTGACTGATGCGGGCAAGGCCTTCTCCATCGCCTTTGCGCTCCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106662 ACTGACTGATGCGGGCAAGGCCTTCTCCATCGCCTTTGCGCTCCTGGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCCGACCACCATGCTGCTGCTGACCGCCTCAGCCCAGCGCCTGTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106712 TGCCGACCACCATGCTGCTGCTGACCGCCTCAGCCCAGCGCCTGTCACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGCTGACTCACGTGCCCCTGTCTTGGCTGAGCATGCGTTGGGGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106762 CTGCTGACTCACGTGCCCCTGTCTTGGCTGAGCATGCGTTGGGGCTGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCCCCGGCGGGCGGCCTGCTGGCACTTGGTGGCCCTGTTGGGGGTCGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106812 CCCCCGGCGGGCGGCCTGCTGGCACTTGGTGGCCCTGTTGGGGGTCGTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGACCGTCTGCTTTCTGGTGCCGGCTGTGATCTTTGCCCACCTCGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106862 TGACCGTCTGCTTTCTGGTGCCGGCTGTGATCTTTGCCCACCTCGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCCTGGAGCTTCTTGGATGCCTTCTACTTCTGCTTTATCTCTCTGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106912 GCCTGGAGCTTCTTGGATGCCTTCTACTTCTGCTTTATCTCTCTGTCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CATCGGCCTGGGCGACTACGTGCCCGGGGAGGCCCCTGGCCAGCCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106962 CATCGGCCTGGGCGACTACGTGCCCGGGGAGGCCCCTGGCCAGCCCTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GGGCCCTCTACAAGGTGCTGGTCACAG         TCTACCTCTTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107012 GGGCCCTCTACAAGGTGCTGGTCACAGGTG...CAGTCTACCTCTTCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GGCCTGGTGGCCATGGTGCTGGTGCTGCAGACCTTCCGCCACGTGTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107244 GGCCTGGTGGCCATGGTGCTGGTGCTGCAGACCTTCCGCCACGTGTCCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCTCCACGGCCTCACGGAGCTCATCCTGCTGCCCCCTCCGTGCCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107294 CCTCCACGGCCTCACGGAGCTCATCCTGCTGCCCCCTCCGTGCCCTGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GTTTCAATGCGGATGAGGACGATCGGGTGGACATCCTGGGCCCCCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107344 GTTTCAATGCGGATGAGGACGATCGGGTGGACATCCTGGGCCCCCAGCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GAGTCGCACCAGCAACTCTCTGCCAGCTCCCACACCGACTACGCTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107394 GAGTCGCACCAGCAACTCTCTGCCAGCTCCCACACCGACTACGCTTCCAT

    950     .
    933 CCCCAGG
        |||||||
 107444 CCCCAGG