seq1 = pF1KE5396.tfa, 927 bp
seq2 = pF1KE5396/gi568815587f_48206223.tfa (gi568815587f:48206223_48407149), 200927 bp

>pF1KE5396 927
>gi568815587f:48206223_48407149 (Chr11)

1-927  (100001-100927)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGCCAAGAACAATGTGACTGAGTTTGTTTTATTTGGCCTTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGCCAAGAACAATGTGACTGAGTTTGTTTTATTTGGCCTTTTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCAGAGAGATGCAGCATACATGCTTTGTGGTATTCTTCCTCTTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCAGAGAGATGCAGCATACATGCTTTGTGGTATTCTTCCTCTTTCATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTCACTGTCCTGGGGAACCTTCTGGTCATCATCACCATCAATGCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTCACTGTCCTGGGGAACCTTCTGGTCATCATCACCATCAATGCTAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGACCCTGAAGTCTCCCATGTATTTCTTCCTGAGCCAGTTGTCTTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGACCCTGAAGTCTCCCATGTATTTCTTCCTGAGCCAGTTGTCTTTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACATATGTTATCCATCCACTACCATACCCAAGATGATTGCTGACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGACATATGTTATCCATCCACTACCATACCCAAGATGATTGCTGACACTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGTGGAGCATAAGATCATCTCCTTCAATGGCTGCATGACCCAGCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGTGGAGCATAAGATCATCTCCTTCAATGGCTGCATGACCCAGCTCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCTGCCCACTTCTTTGGTGGCACTGAGATCTTCCTCCTTACAGCCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCTGCCCACTTCTTTGGTGGCACTGAGATCTTCCTCCTTACAGCCATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTATGACCGCTATGTGGCCATCTGTAGGCCCCTGCACTACACAGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTATGACCGCTATGTGGCCATCTGTAGGCCCCTGCACTACACAGCCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGATTGCCGGAAGTGTGGCCTGCTAGCGGGGGCCTCCTGGTTAGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGATTGCCGGAAGTGTGGCCTGCTAGCGGGGGCCTCCTGGTTAGCTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCCTGCATTCCATCCTGCAGACCCTCCTCACGGTTCAGCTGCCTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCCTGCATTCCATCCTGCAGACCCTCCTCACGGTTCAGCTGCCTTTTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGGGCCCAATGAGATAGACAACTTCTTCTGTGATGTTCATCCCCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGGCCCAATGAGATAGACAACTTCTTCTGTGATGTTCATCCCCTGCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGTTGGCCTGTGCAGACACCTACATGGTAGGTCTCATCGTGGTGGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGTTGGCCTGTGCAGACACCTACATGGTAGGTCTCATCGTGGTGGCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGCGGTATGATTTCTTTAGCATCCTTTTTTATCCTTATCATTTCCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGCGGTATGATTTCTTTAGCATCCTTTTTTATCCTTATCATTTCCTATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TATCATCTTACTGAACCTAAGAAGCCAGTCATCTGAGGACCGGCGTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TATCATCTTACTGAACCTAAGAAGCCAGTCATCTGAGGACCGGCGTAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTGTCTCCACATGTGGCTCACACGTAATCACTGTCCTTTTGGTTCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTGTCTCCACATGTGGCTCACACGTAATCACTGTCCTTTTGGTTCTCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCCCCCATGTTCATGTACATTCGTCCCTCCACCACCCTGGCTGCTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCCCCCATGTTCATGTACATTCGTCCCTCCACCACCCTGGCTGCTGACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACTTATCATCCTCTTTAACATTGTGATGCCACCTTTGCTGAACCCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACTTATCATCCTCTTTAACATTGTGATGCCACCTTTGCTGAACCCTTTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCTATACACTAAGGAACAACGATGTGAAAAATGCCATGAGGAAGCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCTATACACTAAGGAACAACGATGTGAAAAATGCCATGAGGAAGCTGTTT

    900     .    :    .    :    .
    901 AGGGTCAAGAGGAGCTTAGGGGAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGGGTCAAGAGGAGCTTAGGGGAGAAG