seq1 = pF1KE5393.tfa, 927 bp
seq2 = pF1KE5393/gi568815587f_56275624.tfa (gi568815587f:56275624_56476550), 200927 bp

>pF1KE5393 927
>gi568815587f:56275624_56476550 (Chr11)

1-927  (100001-100927)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCACATCAATTGCACCCAGGCGACAGAGTTTATTCTTGTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCACATCAATTGCACCCAGGCGACAGAGTTTATTCTTGTGGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACAGACCATCAGGAGTTGAAGATGCCCCTCTTTGTGCTATTCTTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACAGACCATCAGGAGTTGAAGATGCCCCTCTTTGTGCTATTCTTATCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTACCTCTTCACAGTGGTAGGCAACTTGGGTTTGATCCTACTCATTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTACCTCTTCACAGTGGTAGGCAACTTGGGTTTGATCCTACTCATTAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGGATACAAGTCTCAACACACCAATGTACTTCTTTCTTAGCAACCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGGATACAAGTCTCAACACACCAATGTACTTCTTTCTTAGCAACCTAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTTGTGGATTTCTGTTACTCTTCTGTCATTACACCCAAAATGCTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTTGTGGATTTCTGTTACTCTTCTGTCATTACACCCAAAATGCTTGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATTTCTTGTACAAACAAAATGTTATATCCTTTGATGCATGTGCTACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATTTCTTGTACAAACAAAATGTTATATCCTTTGATGCATGTGCTACTCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGGCTGCTTTCTCACCTTCATGATATCAGAATCCTTGCTACTGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGGCTGCTTTCTCACCTTCATGATATCAGAATCCTTGCTACTGGCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGGCCTATGACCGATATGTGGCCATTTGTAACCCTCTATTGTATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGGCCTATGACCGATATGTGGCCATTTGTAACCCTCTATTGTATATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGTAATGACTCCAGGAATCTGCATTCAACTTGTAGCAGTTCCTTATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGTAATGACTCCAGGAATCTGCATTCAACTTGTAGCAGTTCCTTATAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TATAGCTTCCTAATGGCACTATTTCACACCATCCTCACCTTCCGCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TATAGCTTCCTAATGGCACTATTTCACACCATCCTCACCTTCCGCCTCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTATTGCCACTCCAACATTGTCAACCATTTCTATTGTGATGACATGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTATTGCCACTCCAACATTGTCAACCATTTCTATTGTGATGACATGCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCTCAGGCTAACTTGCTCAGACACTCGCTTCAAACAGCTCTGGATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCTCAGGCTAACTTGCTCAGACACTCGCTTCAAACAGCTCTGGATCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCTGTGCTGGTATCGTGTTCATTTCCTCCCTTCTGATTGTCTTTGTCTC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCTGTGCTGGTATCATGTTCATTTCCTCCCTTCTGATTGTCTTTGTCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACATGTTCATCATTTCTGCCATCCTGAGGATGCATTCAGCTGAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACATGTTCATCATTTCTGCCATCCTGAGGATGCATTCAGCTGAGGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GACAGAAGGCTTTCTCGACGTGTGGCTCTCACATGCTGGCAGTCACCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GACAGAAGGCTTTCTCGACGTGTGGCTCTCACATGCTGGCAGTCACCATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCTATGGGACCCTCATTTTTATGTACTTACAGCCTAGCTCTAGCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCTATGGGACCCTCATTTTTATGTACTTACAGCCTAGCTCTAGCCATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCTGGACACAGACAAGATGGCCTCTGTCTTCTACACAGTGATCATTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCTGGACACAGACAAGATGGCCTCTGTCTTCTACACAGTGATCATTCCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGTTGAATCCCTTAATCTATAGCCTCCAGAATAAGGAGGTGAAAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGTTGAATCCCTTAATCTATAGCCTCCAGAATAAGGAGGTGAAAGAAGCT

    900     .    :    .    :    .
    901 CTGAAGAAAATCATTATCAATAAAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGAAGAAAATCATTATCAATAAAAAC