seq1 = pF1KE5376.tfa, 909 bp
seq2 = pF1KE5376/gi568815587f_6769755.tfa (gi568815587f:6769755_6970663), 200909 bp

>pF1KE5376 909
>gi568815587f:6769755_6970663 (Chr11)

1-909  (100001-100909)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTTCTCTTCCCTGCCTACTGAAATACAGTCATTACTCTTTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTTCTCTTCCCTGCCTACTGAAATACAGTCATTACTCTTTCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTCTAACCATCTACCTGGTCACCCTGATGGGAAACTGCCTCATCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTTCTAACCATCTACCTGGTCACCCTGATGGGAAACTGCCTCATCATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTTACCCTAGCTGACCCCATGCTACACAGCCCCATGTACTTCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTTACCCTAGCTGACCCCATGCTACACAGCCCCATGTACTTCTTCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGAAACTTATCTTTCCTGGAGATTGGCTTCAACCTAGTCATTGTGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGAAACTTATCTTTCCTGGAGATTGGCTTCAACCTAGTCATTGTGCCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATGCTGGGGACCCTGCTTGCCCAGGACACAACCATCTCCTTCCTTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AATGCTGGGGACCCTGCTTGCCCAGGACACAACCATCTCCTTCCTTGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTGCCACTCAGATGTATTTCTTCTTCTTCTTTGGAGTGGCTGAATGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTGCCACTCAGATGTATTTCTTCTTCTTCTTTGGAGTGGCTGAATGCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCCTGGCTACCATGGCATATGACCGCTATGTGGCCATCTGCAGTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCCTGGCTACCATGGCATATGACCGCTATGTGGCCATCTGCAGTCCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCACTACCCAGTCATCATGAACCAAAGGACTCGTGCCAAACTGGCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100351 GCACTACCCAGTCATCATGAACCAAAGGACTCGTGCCAAACTGGCTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCTCCTGGTTCCCAGGCTTTCCTGTAGCTACTGTGCAGACCACATGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCTCCTGGTTCCCAGGCTTTCCTGTAGCTACTGTGCAGACCACATGGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCAGTTTTCCATTCTGTGGCACCAACAAGGTGAACCACTTCTTCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCAGTTTTCCATTCTGTGGCACCAACAAGGTGAACCACTTCTTCTGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGCCCACCTGTGCTGAGGCTGGTCTGTGCAGACACAGCACTCTTTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGCCCACCTGTGCTGAGGCTGGTCTGTGCAGACACAGCACTCTTTGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCTACGCCATCGTCGGAACCATTCTGGTGGTCATGATCCCCTGCTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCTACGCCATCGTCGGAACCATTCTGGTGGTCATGATCCCCTGCTTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCTTGTGTTCCTATACTCACATTGCTGCTGCCATCCTCAAGATCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATCTTGTGTTCCTATACTCACATTGCTGCTGCCATCCTCAAGATCCCATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGCTAAAGGGAAGAATAAAGCCTTTTCTACATGTTCCTCACACCTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGCTAAAGGGAAGAATAAAGCCTTTTCTACATGTTCCTCACACCTCCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTGTCTCTCTTTTCTATATATCATTAAGCCTCACCTACTTCCGGCCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTGTCTCTCTTTTCTATATATCATTAAGCCTCACCTACTTCCGGCCTAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCAAATAATTCACCTGAGGGCAAGAAGCTGCTATCATTGTCCTACACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCAAATAATTCACCTGAGGGCAAGAAGCTGCTATCATTGTCCTACACTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TATGACTCCCATGTTGAACCCCATTATCTACAGCCTGAGAAATAACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TATGACTCCCATGTTGAACCCCATTATCTACAGCCTGAGAAATAACGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGAAGAATGCCCTCAGCAGGACGGTCTCTAAGGCCCTAGCCCTCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGAAGAATGCCCTCAGCAGGACGGTCTCTAAGGCCCTAGCCCTCAGAAAC

    900     .
    901 TGTATCCCA
        |||||||||
 100901 TGTATCCCA