seq1 = pF1KE5375.tfa, 909 bp
seq2 = pF1KE5375/gi568815587f_48145104.tfa (gi568815587f:48145104_48346012), 200909 bp

>pF1KE5375 909
>gi568815587f:48145104_48346012 (Chr11)

1-909  (100001-100909)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGAATTCATTTTTCTGGTACTTTCTCCCAACCAGGAGGTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGAATTCATTTTTCTGGTACTTTCTCCCAACCAGGAGGTGCAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTTTGCTTTGTGATATTTCTGTTCTTGTACACAGCAATTGTGCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTTTGCTTTGTGATATTTCTGTTCTTGTACACAGCAATTGTGCTGGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTTCCTCATTGTGCTCACTGTCATGACCAGCAGAAGCCTTGGTTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTTCCTCATTGTGCTCACTGTCATGACCAGCAGAAGCCTTGGTTCCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGTACTTCTTCCTCAGCTACCTCTCCTTCATGGAGATCTGCTACTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGTACTTCTTCCTCAGCTACCTCTCCTTCATGGAGATCTGCTACTCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCTACAGCCCCCAAACTCATCTCAGATCTGCTGGCTGAAAGGAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCTACAGCCCCCAAACTCATCTCAGATCTGCTGGCTGAAAGGAAAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TATCTTGGTGGGGCTGCATGGCACAGCTTTTCTTCTTGCACTTCTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TATCTTGGTGGGGCTGCATGGCACAGCTTTTCTTCTTGCACTTCTTTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCACTGAGATTTTCCTGCTCACTGTGATGGCCTATGACCACTATGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCACTGAGATTTTCCTGCTCACTGTGATGGCCTATGACCACTATGTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATCTGCAAGCCCCTCAGCTACACCACCATCATGAACTGGCAGGTGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATCTGCAAGCCCCTCAGCTACACCACCATCATGAACTGGCAGGTGTGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGTCCTTGTAGGAATAGCATGGGTGGGAGGCTTCATGCATTCCTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGTCCTTGTAGGAATAGCATGGGTGGGAGGCTTCATGCATTCCTTTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAAATCCTTCTCATCTTCCACCTGCTCTTCTGTGGCCCCAATGTGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAAATCCTTCTCATCTTCCACCTGCTCTTCTGTGGCCCCAATGTGATCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCACTATTTCTGTGACCTAGTTCCCCTTCTCAAACTTGCCTGCTCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCACTATTTCTGTGACCTAGTTCCCCTTCTCAAACTTGCCTGCTCTGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTTCCTCATTGGTCTGCTGATTGTTGCCAATGGAGGCACCCTGTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCTTCCTCATTGGTCTGCTGATTGTTGCCAATGGAGGCACCCTGTCTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCAGTTTTGGGGTCCTCTTAGCATCCTATATGGTCATCTTGCTCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATCAGTTTTGGGGTCCTCTTAGCATCCTATATGGTCATCTTGCTCCATCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAGAACCTGGAGCTCTGAAGGGTGGTGCAAAGCCCTCTCCACCTGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAGAACCTGGAGCTCTGAAGGGTGGTGCAAAGCCCTCTCCACCTGTGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCCATTTCGCTGTGGTTATCTTGTTCTTTGGGCCCTGCGTCTTCAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCCATTTCGCTGTGGTTATCTTGTTCTTTGGGCCCTGCGTCTTCAACTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGAGGCCTTCTACCACTCTGCCCATAGACAAGATGGTGGCTGTGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGAGGCCTTCTACCACTCTGCCCATAGACAAGATGGTGGCTGTGTTCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CACAGTGATAACCGCGATCCTGAACCCTGTCATCTACTCTCTGAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CACAGTGATAACCGCGATCCTGAACCCTGTCATCTACTCTCTGAGAAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTGAAATGAGGAAGGCCATGAAGAGGCTGTGGATTAGGACATTGAGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTGAAATGAGGAAGGCCATGAAGAGGCTGTGGATTAGGACATTGAGACTA

    900     .
    901 AATGAGAAA
        |||||||||
 100901 AATGAGAAA