seq1 = pF1KE5360.tfa, 780 bp
seq2 = pF1KE5360/gi568815594f_1275423.tfa (gi568815594f:1275423_1485958), 210536 bp

>pF1KE5360 780
>gi568815594f:1275423_1485958 (Chr4)

1-86  (100001-100086)   100% ->
87-221  (100612-100746)   100% ->
222-405  (104625-104808)   100% ->
406-514  (105458-105566)   100% ->
515-689  (108344-108518)   100% ->
690-780  (110446-110536)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGAGGAGGTGTCGGACCCCACCTCTGCGGCTGCTCAGCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGAGGAGGTGTCGGACCCCACCTCTGCGGCTGCTCAGCTGCGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCGGGACCACTTGCCTCCACCCTCATCTGCCAG         CCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100051 GCTCCGGGACCACTTGCCTCCACCCTCATCTGCCAGGTG...TAGCCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAGAGCGTTGCCAGAGCCACAGGAGGCCCAGAAGCTGGCAGCAGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100617 CCAGAGCGTTGCCAGAGCCACAGGAGGCCCAGAAGCTGGCAGCAGAGCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCGGGCGCCTGTGGTGCCCTACGGCGTGGACCTGCACTACTGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100667 GCCCGGGCGCCTGTGGTGCCCTACGGCGTGGACCTGCACTACTGGGGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGCTCCCCACAGCCGGGAAGATTGTCAA         GTCTGACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100717 GGAGCTCCCCACAGCCGGGAAGATTGTCAAGTG...CAGGTCTGACTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCACCGCTTCTGGAAGCCCAGCGAGGTGGAGGAGGAAGTGGTCAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104636 AGCACCGCTTCTGGAAGCCCAGCGAGGTGGAGGAGGAAGTGGTCAATGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACATCTCCGAGATGCTCCGGAGCCGCCACATCACTTTTGCCGGGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104686 GACATCTCCGAGATGCTCCGGAGCCGCCACATCACTTTTGCCGGGAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGCCTGTGCAGCACTGGTGCCGTGCCCCGAGGCCAGACGGCCGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104736 TGAGCCTGTGCAGCACTGGTGCCGTGCCCCGAGGCCAGACGGCCGGCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGAGCGCCAAGACCGGCTGAAG         TGCCCTTTCCATGGGAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104786 GTGAGCGCCAAGACCGGCTGAAGGTG...CAGTGCCCTTTCCATGGGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTGTTCCACGGGACGACGAAGGACGGCCGCTCGACCCGGAAGACAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105476 ATTGTTCCACGGGACGACGAAGGACGGCCGCTCGACCCGGAAGACAGGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCGTGAGCAGCGGCGGCAGCTGCAGAAGCAGGAGCGCCCGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105526 TCGTGAGCAGCGGCGGCAGCTGCAGAAGCAGGAGCGCCCGGGTA...CAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AATGGCAGGACCCTGAGTTGATGAGAGACGTGGAAGCAGCCACAGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108344 AATGGCAGGACCCTGAGTTGATGAGAGACGTGGAAGCAGCCACAGGGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GATCTCGGCTCATCCAGGTACAGCGGGAAAGGCAGGGGGAAGAAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108394 GATCTCGGCTCATCCAGGTACAGCGGGAAAGGCAGGGGGAAGAAGAGGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTACCCCAGCCTCACCAACCTGAAGGCTCAGGCTGATACCGCCCGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108444 GTACCCCAGCCTCACCAACCTGAAGGCTCAGGCTGATACCGCCCGCGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCATTGGGAGAAAAGTCTTCGCCAA         GGCAGCTGTGCGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108494 GCATTGGGAGAAAAGTCTTCGCCAAGTA...CAGGGCAGCTGTGCGGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTAGTGGCAGCCATGAACCGGATGGACCAGAAGAAGCACGAGAAGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110462 GTAGTGGCAGCCATGAACCGGATGGACCAGAAGAAGCACGAGAAGTTTTC

    800     .    :    .    :    .
    756 AAACCAGTTTAACTACGCACTGAAC
        |||||||||||||||||||||||||
 110512 AAACCAGTTTAACTACGCACTGAAC