seq1 = pF1KE5354.tfa, 798 bp
seq2 = pF1KE5354/gi568815594r_174391959.tfa (gi568815594r:174391959_174622451), 230493 bp

>pF1KE5354 798
>gi568815594r:174391959_174622451 (Chr4)

(complement)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-217  (100385-100508)   100% ->
218-324  (104375-104481)   100% ->
325-421  (113660-113756)   100% ->
422-498  (126828-126904)   100% ->
499-662  (129138-129301)   100% ->
663-798  (130358-130493)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACGTGAACGGCAAAGTGGCGCTGGTGACCGGCGCGGCTCAGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCACGTGAACGGCAAAGTGGCGCTGGTGACCGGCGCGGCTCAGGGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCAGAGCCTTTGCAGAGGCGCTGCTGCTTAAGGGCGCCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 AGGCAGAGCCTTTGCAGAGGCGCTGCTGCTTAAGGGCGCCAAGGTA...T

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   GTAGCGCTGGTGGATTGGAATCTTGAAGCAGGTGTACAGTGTAAAGCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100383 AGGTAGCGCTGGTGGATTGGAATCTTGAAGCAGGTGTACAGTGTAAAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCTGGATGAGCAGTTTGAACCTCAGAAGACTCTGTTCATCCAGTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100433 GCCCTGGATGAGCAGTTTGAACCTCAGAAGACTCTGTTCATCCAGTGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGGCTGACCAGCAACAACTGAGAG         ACACTTTTAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100483 TGTGGCTGACCAGCAACAACTGAGAGGTA...TAGACACTTTTAGAAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGTAGACCACTTTGGAAGACTGGACATTTTGGTCAATAATGCTGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104390 TTGTAGACCACTTTGGAAGACTGGACATTTTGGTCAATAATGCTGGAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATAATGAGAAAAACTGGGAAAAAACTCTGCAAATTAATTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104440 AATAATGAGAAAAACTGGGAAAAAACTCTGCAAATTAATTTGGTG...TA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  GTTTCTGTTATCAGTGGAACCTATCTTGGTTTGGATTACATGAGTAAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113659 GGTTTCTGTTATCAGTGGAACCTATCTTGGTTTGGATTACATGAGTAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAATGGAGGTGAAGGCGGCATCATTATCAATATGTCATCTTTAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 113709 AAAATGGAGGTGAAGGCGGCATCATTATCAATATGTCATCTTTAGCAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    422        GACTCATGCCCGTTGCACAGCAGCCGGTTTATTGTGCTTCAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113759 A...CAGGACTCATGCCCGTTGCACAGCAGCCGGTTTATTGTGCTTCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCATGGCATAGTTGGATTCACACGCTCAGCAGCG         TTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 126871 GCATGGCATAGTTGGATTCACACGCTCAGCAGCGGTG...CAGTTGGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTAATCTTATGAACAGTGGTGTGAGACTGAATGCCATTTGTCCAGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129145 CTAATCTTATGAACAGTGGTGTGAGACTGAATGCCATTTGTCCAGGCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTAACACAGCCATCCTTGAATCAATTGAAAAAGAAGAAAACATGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129195 GTTAACACAGCCATCCTTGAATCAATTGAAAAAGAAGAAAACATGGGACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATATATAGAATATAAGGATCATATCAAGGATATGATTAAATACTATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129245 ATATATAGAATATAAGGATCATATCAAGGATATGATTAAATACTATGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTTTGGA         CCCACCATTGATTGCCAATGGATTGATAACACTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129295 TTTTGGAGTA...TAGCCCACCATTGATTGCCAATGGATTGATAACACTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATTGAAGATGATGCTTTAAATGGTGCTATTATGAAGATCACAACTTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130392 ATTGAAGATGATGCTTTAAATGGTGCTATTATGAAGATCACAACTTCTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGGAATTCATTTTCAAGACTATGATACAACTCCATTTCAAGCAAAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130442 GGGAATTCATTTTCAAGACTATGATACAACTCCATTTCAAGCAAAAACCC

    850 
    797 AA
        ||
 130492 AA