seq1 = pF1KE5353.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KE5353/gi568815594r_121038622.tfa (gi568815594r:121038622_121264125), 225504 bp

>pF1KE5353 975
>gi568815594r:121038622_121264125 (Chr4)

(complement)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-147  (102910-102990)   100% ->
148-213  (105374-105439)   100% ->
214-363  (106883-107032)   99% ->
364-492  (109447-109575)   100% ->
493-609  (113907-114023)   100% ->
610-735  (116952-117077)   100% ->
736-786  (121350-121400)   100% ->
787-885  (122212-122310)   100% ->
886-946  (125442-125502)   100% ->
947-975  (131464-131492)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACATTTTGTACAGGGCACATCTAGAATGATTGCCGCAGAAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACATTTTGTACAGGGCACATCTAGAATGATTGCCGCAGAAAGTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACGGAGCATAAAGAG         TGTGCTGAACCATCAACAAGAAAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 TACGGAGCATAAAGAGGTA...AAGTGTGCTGAACCATCAACAAGAAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTTGATGAATTCTCTTGAACAAAAGATAAGGTGTTTGGAAAAACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102935 ACTTGATGAATTCTCTTGAACAAAAGATAAGGTGTTTGGAAAAACAAAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGAG         CTCCTGGAAGTTAACCAGCAATGGGATCAGCAATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102985 AAAGAGGTA...CAGCTCCTGGAAGTTAACCAGCAATGGGATCAGCAATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAGAAGTATGAAAGAGTTATATGAAAGAAAG         GTAGCAGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105409 TAGAAGTATGAAAGAGTTATATGAAAGAAAGGTA...CAGGTAGCAGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGAAGACGAAACTGGACGCCGCGGAAAGATTCCTCAGCACGCGGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106893 TGAAGACGAAACTGGACGCCGCGGAAAGATTCCTCAGCACGCGGGAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATCCGCATCAGAGGCAGAGAAAGGACGACAGGCAGAGAGAGGACGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106943 GATCCGCATCAGAGGCAGAGAAAGGACGACAGGCAGAGAGAGGACGACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCATCGCGACCTGACCCGGGACCGGCTGCAGCGGGAGGAG         A
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106993 GCAGCGCGACCTGACCCGGGACCGGCTGCAGCGGGAGGAGGTG...CAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGAAAAGGAACGCCTAAATGAAGAATTACATGAATTGAAAGAAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109448 AGGAAAAGGAACGCCTAAATGAAGAATTACATGAATTGAAAGAAGAGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAACTTTTAAAGGGAAAAAATACTCTTGCGAACAAGGAAAAGGAACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109498 AAACTTTTAAAGGGAAAAAATACTCTTGCGAACAAGGAAAAGGAACATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGAATGTGAAATAAAACGCCTCAATAAG         GCTCTTCAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109548 CGAATGTGAAATAAAACGCCTCAATAAGGTA...TAGGCTCTTCAGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCTTGAATATCAAGTGTTCATTTTCCGAGGACTGTTTGAGGAAGTCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113920 CCTTGAATATCAAGTGTTCATTTTCCGAGGACTGTTTGAGGAAGTCTCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGGAATTCTGCCATGAGGAGATGAGAACAGAAATGGAAGTTCTGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113970 GTGGAATTCTGCCATGAGGAGATGAGAACAGAAATGGAAGTTCTGAAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCAG         GTGCAAATATACGAAGAAGACTTCAAAAAGGAACGAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114020 GCAGGTG...TAGGTGCAAATATACGAAGAAGACTTCAAAAAGGAACGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CGGATCGAGAGAGACTTAATCAAGAGAAAGAGGAGCTACAGCAAATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116989 CGGATCGAGAGAGACTTAATCAAGAGAAAGAGGAGCTACAGCAAATTAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAACTTCCCAATCCCAGTTGAACAGGCTGAATTCCCAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 117039 GAAACTTCCCAATCCCAGTTGAACAGGCTGAATTCCCAGGTA...TAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AAAAGCTTGTCAGATGGAGAAAGAAAAACTAGAAAAGCAATTAAAACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 121352 AAAAGCTTGTCAGATGGAGAAAGAAAAACTAGAAAAGCAATTAAAACAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    787         ATGTATTGCCCACCCTGTAACTGCGGCTTGGTTTTCCACCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121402 TA...CAGATGTATTGCCCACCCTGTAACTGCGGCTTGGTTTTCCACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAAGATCCATGGGTACCAACAGGCCCTGGAGCTGTGCAGAAGCAACGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122254 CAAGATCCATGGGTACCAACAGGCCCTGGAGCTGTGCAGAAGCAACGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCACCCA         CCAGACTATCAGTGGTATGCTCTTGACCAGCTTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122304 GCACCCAGTA...CAGCCAGACTATCAGTGGTATGCTCTTGACCAGCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CGCCAGATGTACAACACAAGGCAAATG         GTTTATCCTCAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 125476 CGCCAGATGTACAACACAAGGCAAATGGTG...TAGGTTTATCCTCAGTA

   1050     .    :    .
    961 AAGAAAGTCCATCCG
        |||||||||||||||
 131478 AAGAAAGTCCATCCG