seq1 = pF1KE5352.tfa, 945 bp
seq2 = pF1KE5352/gi568815596r_199833070.tfa (gi568815596r:199833070_200055470), 222401 bp

>pF1KE5352 945
>gi568815596r:199833070_200055470 (Chr2)

(complement)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-233  (106999-107153)   100% ->
234-303  (111637-111706)   100% ->
304-348  (115338-115382)   100% ->
349-486  (116401-116538)   100% ->
487-574  (118979-119066)   100% ->
575-691  (119424-119540)   100% ->
692-945  (122148-122401)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGGCAGCACCTCCCGGTACCCCGGCTGGAGGGCGTTTCTCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGGCAGCACCTCCCGGTACCCCGGCTGGAGGGCGTTTCTCGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGTTCATGCAGCACCTCTACCCACAG         AGAAAACCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 GCAGTTCATGCAGCACCTCTACCCACAGGTG...CAGAGAAAACCTCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGTTGGAAGGGATTGATTTGGGGCCATGTACAAGCAAATGGACAGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107012 TGTTGGAAGGGATTGATTTGGGGCCATGTACAAGCAAATGGACAGTGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCTAAGCCAAGTTGGAGGGAAGAAAGAAGTAAAGATTCATGTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107062 TACCTAAGCCAAGTTGGAGGGAAGAAAGAAGTAAAGATTCATGTTGCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTTGCACAGATGGACTTCATTAGTAAGAACTTTGTATATAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107112 AGTTGCACAGATGGACTTCATTAGTAAGAACTTTGTATATAGGTA...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  AACTTTACCTTTTGACCAGTTGGTCCAGAGGGCAGCTGAAGAGAAACAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111636 GAACTTTACCTTTTGACCAGTTGGTCCAGAGGGCAGCTGAAGAGAAACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGAATTCTTTGTTTCAGAG         GATGAGAAATACTACTTACG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111686 AAAGAATTCTTTGTTTCAGAGGTA...AAGGATGAGAAATACTACTTACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTCACTTGGAGAAGACCCTAGAAAG         GATGTTGCAGATATCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115358 GTCACTTGGAGAAGACCCTAGAAAGGTA...CAGGATGTTGCAGATATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GAAAGCAGTTTCCTTTGTTGAAAGGAGATATTAAGTTTCCAGAATTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116417 GAAAGCAGTTTCCTTTGTTGAAAGGAGATATTAAGTTTCCAGAATTCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAAGAGGAACAGTTCTTTTCCAGTGTTTTTCGAATTAGTTCACCAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116467 AAAGAGGAACAGTTCTTTTCCAGTGTTTTTCGAATTAGTTCACCAGGATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACAACTATGGACTCATTATGAT         GTAATGGATAATTTGTTAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 116517 ACAACTATGGACTCATTATGATGTA...CAGGTAATGGATAATTTGTTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TACAAGTGACAGGAAAAAAGCGTGTTGTACTCTTCAGTCCTCGAGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118998 TACAAGTGACAGGAAAAAAGCGTGTTGTACTCTTCAGTCCTCGAGATGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGTATTTATATTTAAAAG         GTACTAAATCAGAAGTACTGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 119048 CAGTATTTATATTTAAAAGGTA...TAGGTACTAAATCAGAAGTACTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TATAGATAACCCAGACTTGGCTAAATATCCACTTTTTTCCAAGGCTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119446 TATAGATAACCCAGACTTGGCTAAATATCCACTTTTTTCCAAGGCTAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GATATGAATGTTCCCTTGAAGCTGGTGATGTATTATTCATTCCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 119496 GATATGAATGTTCCCTTGAAGCTGGTGATGTATTATTCATTCCTGGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692     CTTTATGGTTCCATAATGTAATTTCTGAAGAGTTTGGAGTGGGAGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119546 .CAGCTTTATGGTTCCATAATGTAATTTCTGAAGAGTTTGGAGTGGGAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAATATCTTTTGGAAGCACCTTCCATCTGAATGCTATGATAAAACAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122194 GAATATCTTTTGGAAGCACCTTCCATCTGAATGCTATGATAAAACAGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCTATGGAAACAAAGATCCTACAGCAGCATCAAGAGCTGCACAAATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122244 CCTATGGAAACAAAGATCCTACAGCAGCATCAAGAGCTGCACAAATTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GACAGAGCCTTGAAAACACTGGCCGAGTTACCAGAGGAATATAGGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122294 GACAGAGCCTTGAAAACACTGGCCGAGTTACCAGAGGAATATAGGGACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTATGCACGACGAATGGTCCTACACATTCAAGACAAAGCCTACAGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122344 CTATGCACGACGAATGGTCCTACACATTCAAGACAAAGCCTACAGCAAGA

   1000     .
    938 ACTCTGAG
        ||||||||
 122394 ACTCTGAG