seq1 = pF1KE5351.tfa, 918 bp
seq2 = pF1KE5351/gi568815584f_88494727.tfa (gi568815584f:88494727_88710940), 216214 bp

>pF1KE5351 918
>gi568815584f:88494727_88710940 (Chr14)

1-385  (100001-100385)   100% ->
386-460  (102008-102082)   100% ->
461-581  (112517-112637)   100% ->
582-718  (114541-114677)   100% ->
719-807  (114989-115077)   100% ->
808-918  (116108-116217)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAATGTCTTCAAAGTTTCCATCACCACCTCTACCAATTTTTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAATGTCTTCAAAGTTTCCATCACCACCTCTACCAATTTTTCTTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCGGAGCCAGTGGACTTAGGTTCCATAACAAGCTCCTCTTGTTCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCGGAGCCAGTGGACTTAGGTTCCATAACAAGCTCCTCTTGTTCACTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGAGCTAGACAATATTTCCCACCTTTTAAGGAAAATATCAGCTGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGAGCTAGACAATATTTCCCACCTTTTAAGGAAAATATCAGCTGATATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATGAAATTAAAGGAATGAAAGCAGCTATTTTGACAGTGGAAGCAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATGAAATTAAAGGAATGAAAGCAGCTATTTTGACAGTGGAAGCAAATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTTGATCTAAATGTTAGAGTGTCCAAGAATGAAGCAAAAATTTCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTTGATCTAAATGTTAGAGTGTCCAAGAATGAAGCAAAAATTTCATCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAGGTTAAAATGAATGAATATTCAACAACATATGAATGCAACAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGAGGTTAAAATGAATGAATATTCAACAACATATGAATGCAACAGACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGAAGATCAAGAAGAAGATACTGAATCACAGTCAAGAACTACTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGAAGATCAAGAAGAAGATACTGAATCACAGTCAAGAACTACTGATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAAAATAATCGGCTTCCTTAGAAACGTTGAGAAAG         GAACTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100351 AAAAATAATCGGCTTCCTTAGAAACGTTGAGAAAGGTA...TAGGAACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AACAGAGGCAATTATTATCCCGACTGCAAATCGACCCAGTAATGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102014 AACAGAGGCAATTATTATCCCGACTGCAAATCGACCCAGTAATGGCAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACTCTGCAGATGAGTCAAG         CTGAGATGAGTGAACTGAGTGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102064 ACTCTGCAGATGAGTCAAGGTT...TAGCTGAGATGAGTGAACTGAGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGCACAGAAACCAGAAAAACTTTTGGAGCGCTGCAAGTACTGGCCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112539 GGCACAGAAACCAGAAAAACTTTTGGAGCGCTGCAAGTACTGGCCTGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTAAAAATGGGGATGAGTGTGCCTACCATCACCCCATCTCACCCTGCAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112589 GTAAAAATGGGGATGAGTGTGCCTACCATCACCCCATCTCACCCTGCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    582         AGCCTTCCCCAATTGTAAATTTGCTGAAAAATGTTTGTTTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112639 TG...TAGAGCCTTCCCCAATTGTAAATTTGCTGAAAAATGTTTGTTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCACCCAAATTGTAAATATGATGCAAAGTGTACTAAACCAGATTGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114583 TCACCCAAATTGTAAATATGATGCAAAGTGTACTAAACCAGATTGTCCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCACTCATGTGAGTAGAAGAATTCCAGTACTGTCTCCAAAACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 114633 TCACTCATGTGAGTAGAAGAATTCCAGTACTGTCTCCAAAACCAGGTG..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    719     TTGCACCACCAGCACCACCTTCCAGTAGTCAGCTCTGCCGTTACTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114683 .CAGTTGCACCACCAGCACCACCTTCCAGTAGTCAGCTCTGCCGTTACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCCTGCTTGTAAGAAGATGGAATGTCCCTTCTATCATCCAAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 115035 CCCTGCTTGTAAGAAGATGGAATGTCCCTTCTATCATCCAAAAGTA...C

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    808   CATTGTAGGTTTAACACTCAATGTACAAGACCGGACTGCACATTCTAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116106 AGCATTGTAGGTTTAACACTCAATGTACAAGACCGGACTGCACATTCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CATCCCACCATTAATGTCCCACCACGACATGCCTTGAAATGGATTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116156 CATCCCACCATTAATGTCCCACCACGACATGCCTTGAAATGGATTCGACC

    950     .    :
    906 TCAAACCAGCGAA
        |||||||||-| |
 116206 TCAAACCAG GTA