seq1 = pF1KE5349.tfa, 891 bp
seq2 = pF1KE5349/gi568815575f_147812180.tfa (gi568815575f:147812180_148032764), 220585 bp

>pF1KE5349 891
>gi568815575f:147812180_148032764 (ChrX)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-104  (109754-109806)   100% ->
105-198  (113361-113454)   100% ->
199-270  (116143-116214)   100% ->
271-419  (116480-116628)   100% ->
420-513  (117769-117862)   100% ->
514-630  (117949-118065)   100% ->
631-801  (120246-120416)   100% ->
802-891  (120506-120591)   95%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGCTGGTGGTGGAAGTGCGGGGCTCCAATGGCGCTTTCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGCTGGTGGTGGAAGTGCGGGGCTCCAATGGCGCTTTCTACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         GCATTTGTAAAGGATGTTCATGAAGATTCAATAACAGTTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...CAGGCATTTGTAAAGGATGTTCATGAAGATTCAATAACAGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATTTGAAAACAA         CTGGCAGCCTGATAGGCAGATTCCATTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109794 CATTTGAAAACAAGTA...CAGCTGGCAGCCTGATAGGCAGATTCCATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CATGATGTCAGATTCCCACCTCCTGTAGGTTATAATAAAGATATAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113389 CATGATGTCAGATTCCCACCTCCTGTAGGTTATAATAAAGATATAAATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGTGATGAAGTTGAG         GTGTATTCCAGAGCAAATGAAAAAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 113439 AAGTGATGAAGTTGAGGTG...TAGGTGTATTCCAGAGCAAATGAAAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGCCTTGCTGTTGGTGGTTAGCTAAAGTGAGGATGATAAAGGGTGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116168 AGCCTTGCTGTTGGTGGTTAGCTAAAGTGAGGATGATAAAGGGTGAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    271       TTTTATGTGATAGAATATGCAGCATGTGATGCAACTTACAATGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116218 ...CAGTTTTATGTGATAGAATATGCAGCATGTGATGCAACTTACAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AATTGTCACAATTGAACGTCTAAGATCTGTTAATCCCAACAAACCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116524 AATTGTCACAATTGAACGTCTAAGATCTGTTAATCCCAACAAACCTGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAAAAGATACTTTCCATAAGATCAAGCTGGATGTGCCAGAAGACTTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116574 CAAAAGATACTTTCCATAAGATCAAGCTGGATGTGCCAGAAGACTTACGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAAAT         GTGTGCCAAAGAGGCGGCACATAAGGATTTTAAAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116624 CAAATGTA...TAGGTGTGCCAAAGAGGCGGCACATAAGGATTTTAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGCAGTTGGTGCCTTTTCTGTAACTTATGATCCAGAAAATTATCAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117805 GGCAGTTGGTGCCTTTTCTGTAACTTATGATCCAGAAAATTATCAGCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCATTTTG         TCCATCAATGAAGTCACCTCAAAGCGAGCACAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 117855 TCATTTTGGTG...TAGTCCATCAATGAAGTCACCTCAAAGCGAGCACAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATGCTGATTGACATGCACTTTCGGAGTCTGCGCACTAAGTTGTCTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117982 ATGCTGATTGACATGCACTTTCGGAGTCTGCGCACTAAGTTGTCTCTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AATGAGAAATGAAGAAGCTAGTAAGCAGCTGGAG         AGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118032 AATGAGAAATGAAGAAGCTAGTAAGCAGCTGGAGGTA...CAGAGTTCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GGCAGCTTGCCTCGAGATTTCATGAACAGTTTATCGTAAGAGAAGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120253 GGCAGCTTGCCTCGAGATTTCATGAACAGTTTATCGTAAGAGAAGATCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATGGGTCTAGCTATTGGTACTCATGGTGCTAATATTCAGCAAGCTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120303 ATGGGTCTAGCTATTGGTACTCATGGTGCTAATATTCAGCAAGCTAGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGTACCTGGGGTCACTGCTATTGATCTAGATGAAGATACCTGCACATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120353 AGTACCTGGGGTCACTGCTATTGATCTAGATGAAGATACCTGCACATTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATATTTATGGAGAG         GATCAGGATGCAGTGAAAAAAGCTAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 120403 ATATTTATGGAGAGGTA...TAGGATCAGGATGCAGTGAAAAAAGCTAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGCTTTCTCGAATTTGCTGAAGATGTAATACAAGTTCCAAGGAACTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120533 AGCTTTCTCGAATTTGCTGAAGATGTAATACAAGTTCCAAGGAACTTAGT

    950     .    :
    879 AGGGTTGAAGATC
        |||-|--|||-||
 120583 AGG T  AAG TC