seq1 = pF1KE5346.tfa, 855 bp
seq2 = pF1KE5346/gi568815587r_47560176.tfa (gi568815587r:47560176_47782032), 221857 bp

>pF1KE5346 855
>gi568815587r:47560176_47782032 (Chr11)

(complement)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-165  (101960-102060)   99% ->
166-296  (104632-104762)   99% ->
297-363  (113126-113192)   100% ->
364-489  (114337-114462)   100% ->
490-597  (114970-115077)   100% ->
598-684  (118921-119007)   100% ->
685-855  (121687-121857)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCGGATGGGAATCCTAAACAGCTACACCATGGAGTCTACCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCGGATGGGAATCCTAAACAGCTACACCATGGAGTCTACCTTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGTCCACCCTGG         GTAATAAAAGAGACACCCACTTTACCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGTCCACCCTGGGTA...CAGGTAATAAAAGAGACACCCACTTTACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCGAAGATCTGAAGTCCTTAGGTTATCATGTCTGTGACACCCTTCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101987 TCGAAGATCTGAAGTCCTTAGGTTATCATGTCTGTGACACCCTTCTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTTGTGATCCTGACCAAATTAAG         TTCACTCAGTGTCTAGC
        |||||||||||||||||||| |||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102037 TTTTGTGATCCTGACCAAATGAAGGTA...TAGTTCACTCAGTGTCTAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAGCTTAAGGAGCTTCTACGACAGGAAATCCACAAGAAATTCCATGAAC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 104649 AGAGCTTAAGGAGCTTTTACGACAGGAAATCCACAAGAAATTCCATGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGGACAAGATGTAGATTTAGAAGGAAGTTGGAGTGACATCTCTTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104699 TTGGACAAGATGTAGATTTAGAAGGAAGTTGGAGTGACATCTCTTTGTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACATTGAATCCAG         CACCAGTGGCTCTGACAGTTCTCTCTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104749 GACATTGAATCCAGGTA...CAGCACCAGTGGCTCTGACAGTTCTCTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGATGGTCTTCCTGTTCACCTAGCAAACATAGCAGATGAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 113153 AGATGGTCTTCCTGTTCACCTAGCAAACATAGCAGATGAGGTA...TAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGACTCAGAAAAAGAAGATGTTTAAGAAGAAAAAAAAGAAGTCACTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114338 TGACTCAGAAAAAGAAGATGTTTAAGAAGAAAAAAAAGAAGTCACTTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACTAGGAAACAGCGAAATGAGCAGTATCAGAAAAAAAATTTGATGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114388 ACTAGGAAACAGCGAAATGAGCAGTATCAGAAAAAAAATTTGATGCAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTTAAAGTTAACAGAAGATACCTCA         GAAAAGGCAGGATTTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114438 GTTAAAGTTAACAGAAGATACCTCAGTA...TAGGAAAAGGCAGGATTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTTCTACTCTGCAAAAGCAGCCAACCTTTTTCAAAAACTCAGAGAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114986 CTTCTACTCTGCAAAAGCAGCCAACCTTTTTCAAAAACTCAGAGAATTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGTTTTTTACCAATGAAAAATGAAAACCCAAGGTTAAATGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 115036 AGTTTTTTACCAATGAAAAATGAAAACCCAAGGTTAAATGAGGTA...TA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598  ACAAATTTAAATAGAAGAGACAAAGACACCCCCCTGGACCCATCAATGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118920 GACAAATTTAAATAGAAGAGACAAAGACACCCCCCTGGACCCATCAATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCACCCTGATTCTGCCTAAGAATAAAGGGAGAATGCAG         AAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 118970 CCACCCTGATTCTGCCTAAGAATAAAGGGAGAATGCAGGTA...CAGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAGAAGCCAGGCTTTACAGTATCATGCTCTCCAAAGAGAACCATAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121690 AAGAAGCCAGGCTTTACAGTATCATGCTCTCCAAAGAGAACCATAAACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAGCCAAGAGCCAGCTCCAGGTATGAAGCCAAACTGGCCTAGGAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121740 CAGCCAAGAGCCAGCTCCAGGTATGAAGCCAAACTGGCCTAGGAGCAGAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATCCTGCCACAAAGAGAGGCTGTGCTGCCATGGCGGCATACCCATCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121790 ATCCTGCCACAAAGAGAGGCTGTGCTGCCATGGCGGCATACCCATCCTTG

    900     .    :    .
    838 CACATATACACATACCCG
        ||||||||||||||||||
 121840 CACATATACACATACCCG