seq1 = pF1KE5344.tfa, 813 bp
seq2 = pF1KE5344/gi568815592r_152892857.tfa (gi568815592r:152892857_153102685), 209829 bp

>pF1KE5344 813
>gi568815592r:152892857_153102685 (Chr6)

(complement)

1-259  (100001-100259)   100% ->
260-339  (104057-104136)   98% ->
340-523  (107367-107550)   100% ->
524-687  (108010-108173)   100% ->
688-805  (109712-109829)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGTCCCGGGTTCTGTGGGGCGCTGCCCGGTGGCTCTGGCCCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGTCCCGGGTTCTGTGGGGCGCTGCCCGGTGGCTCTGGCCCCGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGTTGGCCCAGCCCGCCGGCCCCTGAGCTCCGGTAGCCCGCCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGTTGGCCCAGCCCGCCGGCCCCTGAGCTCCGGTAGCCCGCCGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGCTGTTCACCCGGGGCGGGCCCTTGCGGACCTTCCTCGAGCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGCTGTTCACCCGGGGCGGGCCCTTGCGGACCTTCCTCGAGCGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGGGGTCTGAAGCCCATTTGAAGGTCAGGAGGCCCGAGTTGCTGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGGGGTCTGAAGCCCATTTGAAGGTCAGGAGGCCCGAGTTGCTGGCGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATCAAACTGCTGAACGAGAAGGAGCGGGAGCTGCGGGAGACTGAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATCAAACTGCTGAACGAGAAGGAGCGGGAGCTGCGGGAGACTGAGCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTGCACG         ATGAGAATGAAGATCTAAGGAAACTTGCAGAG
        |||||||||>>>...>>>|||||||||||||| |||||||||||||||||
 100251 TGCTGCACGGTA...TAGATGAGAATGAAGATTTAAGGAAACTTGCAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATGAAATCACTTTGTGTCAAAAAGAAATAACTCAGCTGAAGCATCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104089 AATGAAATCACTTTGTGTCAAAAAGAAATAACTCAGCTGAAGCATCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340        ATTATCTTACTTTTGGTTCCCTCAGAAGAAACAGATGAAAATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104139 A...CAGATTATCTTACTTTTGGTTCCCTCAGAAGAAACAGATGAAAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTTGATCCTGGAAGTAACTGCAGGAGTTGGAGGTCAGGAGGCAATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107410 ATTTGATCCTGGAAGTAACTGCAGGAGTTGGAGGTCAGGAGGCAATGTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTACATCAGAGATATTTGATATGTATCAGCAATATGCTGCATTTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107460 TTTACATCAGAGATATTTGATATGTATCAGCAATATGCTGCATTTAAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATGGCATTTTGAAACCCTGGAATATTTTCCAAGTGAACTAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107510 ATGGCATTTTGAAACCCTGGAATATTTTCCAAGTGAACTAGGTC...AAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGGCCTTAGACATGCATCTGCCAGCATTGGGGGTTCAGAAGCCTATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108010 GTGGCCTTAGACATGCATCTGCCAGCATTGGGGGTTCAGAAGCCTATAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACATGAAATTTGAAGGAGGTGTTCACAGAGTACAAAGAGTGCCAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108060 CACATGAAATTTGAAGGAGGTGTTCACAGAGTACAAAGAGTGCCAAAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGAAAAGCAAGGCCGCGTCCATACTAGCACCATGACTGTAGCAATATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108110 AGAAAAGCAAGGCCGCGTCCATACTAGCACCATGACTGTAGCAATATTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCAGCCTACTGAG         ATTAATCTGGTGATTAATCCGAAAGAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108160 CCCAGCCTACTGAGGTA...TAGATTAATCTGGTGATTAATCCGAAAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTGAGAATTGACACTAAGCGAGCCAGTGGAGCTGGGGGGCAGCATGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109739 TTGAGAATTGACACTAAGCGAGCCAGTGGAGCTGGGGGGCAGCATGTAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TACCACGGACAGTGCTGTCCGGATAGTTCATCTTCCAACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109789 TACCACGGACAGTGCTGTCCGGATAGTTCATCTTCCAACAG