seq1 = pF1KE5343.tfa, 810 bp
seq2 = pF1KE5343/gi568815597f_21877040.tfa (gi568815597f:21877040_22086683), 209644 bp

>pF1KE5343 810
>gi568815597f:21877040_22086683 (Chr1)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-129  (101330-101415)   100% ->
130-227  (103785-103882)   97% ->
228-362  (103999-104133)   99% ->
363-499  (106655-106791)   99% ->
500-642  (107150-107292)   98% ->
643-795  (109492-109644)   99% ->
796-810  (112223-112237)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGCTCCGGCTGCTCAGTTCCCTCCTCCTTGTGGCCGTTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGATGCTCCGGCTGCTCAGTTCCCTCCTCCTTGTGGCCGTTGGTA...T

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   CCTCAGGCTATGGCCCACCTTCCTCTCGCCCTTCCAGCCGCGTTGTCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101328 AGCCTCAGGCTATGGCCCACCTTCCTCTCGCCCTTCCAGCCGCGTTGTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGTGAGGATGCGGTCCCCTACAGCTGGCCCTGGCAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101378 ATGGTGAGGATGCGGTCCCCTACAGCTGGCCCTGGCAGGTA...CAGGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCCCTGCAGTATGAGAAAAGTGGAAGCTTCTACCACACGTGTGGCGGTAG
        |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
 103788 TCCCTGCAGTATGAGAAAAGCGGAAGCTTCTACCACACCTGTGGCGGTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTCATCGCCCCCGACTGGGTTGTGACTGCCGGCCACTGCATCTC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103838 CCTCATCGCCCCCGACTGGGTTGTGACTGCCGGCCACTGCATCTCGTG..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    228     GAGCTCCTGGACCTACCAGGTGGTGTTGGGCGAGTACGACCGTGCT
        .>>>||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103888 .CAGGAGCTCCCGGACCTACCAGGTGGTGTTGGGCGAGTACGACCGTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGAAGGAGGGCCCCGAGCAGGTGATCCCCATCAACTCTGGGGACCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104045 GTGAAGGAGGGCCCCGAGCAGGTGATCCCCATCAACTCTGGGGACCTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTGCATCCACTCTGGAACCGCTCGTGTGTGGCCTGTGG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 104095 TGTGCATCCACTCTGGAACCGCTCGTGTGTGGCCTGTGGGTG...CAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGACATCGCCCTCATCAAGCTCTCACGCAGCGCCCAGCTGGGAGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106657 ATGACATCGCCCTCATCAAGCTCTCACGCAGCGCCCAGCTGGGAGACGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTCCAGCTCGCCTCACTCCCTCCCGCTGGTGACATCCTTCCCAACGAGAC
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 106707 GTCCAGCTCGCCTCACTCCCTCCGGCTGGTGACATCCTTCCCAACGAGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACCCTGCTACATCACCGGCTGGGGCCGTCTCTATA         CCAACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106757 ACCCTGCTACATCACCGGCTGGGGCCGTCTCTATAGTA...CAGCCAACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGCCACTCCCAGACAAGCTGCAGGAGGCCCTGCTGCCCGTGGTGGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 107156 GGCCACTCCCAGACAAGCTGCAGGAGGCCCTGCTGCCGGTGGTGGACTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAACACTGCTCCAGGTGGAACTGGTGGGGTTCCTCCGTGAAGAAGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107206 GAACACTGCTCCAGGTGGAACTGGTGGGGTTCCTCCGTGAAGAAGACCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGTGTGTGCTGGAGGGGACATCCGCTCCGGCTGCAAC         GGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| >>>...>>>||||
 107256 GGTGTGTGCTGGAGGGGACATCCGCTCCGGCTGCAATGTG...CAGGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACTCTGGAGGACCCCTCAACTGCCCCACAGAGGATGGTGGCTGGCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109496 ACTCTGGAGGACCCCTCAACTGCCCCACAGAGGATGGTGGCTGGCAGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CATGGCGTGACCAGCTTTGTTTCTGCCTTTGGCTGCAACACCCGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109546 CATGGCGTGACCAGCTTTGTTTCTGCCTTTGGCTGCAACACCCGCAGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCCCACGGTGTTCACTCGAGTCTCCGCCTTCATCGACTGGATTGAGGAG 
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||>
 109596 GCCCACGGTGTTCACTCGAGTCTCCGCCTTCATTGACTGGATTGAGGAGG

    850     .    :    .    :
    796         ACCATAGCAAGCCAC
        >>...>>>|||||||||||||||
 109646 TG...CAGACCATAGCAAGCCAC