seq1 = pF1KE5339.tfa, 792 bp
seq2 = pF1KE5339/gi568815592f_85350140.tfa (gi568815592f:85350140_85571466), 221327 bp

>pF1KE5339 792
>gi568815592f:85350140_85571466 (Chr6)

1-339  (100001-100339)   100% ->
340-562  (116921-117143)   100% ->
563-792  (121098-121327)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTCCCCGAGCCGCGCGGGCGCCCGCGACGCTACTCCTCGCCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTCCCCGAGCCGCGCGGGCGCCCGCGACGCTACTCCTCGCCCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGTGCTGTGGCCTGCGGCTGGCGCCTGGGAGCTTACGATTTTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGGTGCTGTGGCCTGCGGCTGGCGCCTGGGAGCTTACGATTTTGCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAACGACGTGCACAGCCGGCTGGAGCAGACCAGCGAGGACTCCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAACGACGTGCACAGCCGGCTGGAGCAGACCAGCGAGGACTCCAGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCGTCAACGCCAGCCGCTGCATGGGTGGCGTGGCTCGGCTCTTCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGCGTCAACGCCAGCCGCTGCATGGGTGGCGTGGCTCGGCTCTTCACCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTTCAGCAGATCCGCCGCGCCGAACCCAACGTGCTGCTGCTGGACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTTCAGCAGATCCGCCGCGCCGAACCCAACGTGCTGCTGCTGGACGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGACCAGTACCAGGGCACTATCTGGTTCACCGTGTACAAGGGCGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGACCAGTACCAGGGCACTATCTGGTTCACCGTGTACAAGGGCGCCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGGCGCACTTCATGAACGCCCTGCGCTACGATGCCATG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100301 GTGGCGCACTTCATGAACGCCCTGCGCTACGATGCCATGGTA...TAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACTGGGAAATCATGAATTTGATAATGGTGTGGAAGGACTGATCGAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116923 ACTGGGAAATCATGAATTTGATAATGGTGTGGAAGGACTGATCGAGCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCTCAAAGAGGCCAAATTTCCAATTCTGAGTGCAAACATTAAAGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116973 TCCTCAAAGAGGCCAAATTTCCAATTCTGAGTGCAAACATTAAAGCAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGGCCACTAGCATCTCAAATATCAGGACTTTATTTGCCATATAAAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117023 GGGCCACTAGCATCTCAAATATCAGGACTTTATTTGCCATATAAAGTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCCTGTTGGTGATGAAGTTGTGGGAATCGTTGGATACACTTCCAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117073 TCCTGTTGGTGATGAAGTTGTGGGAATCGTTGGATACACTTCCAAAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCCCTTTTCTCTCAAATCCAG         GGACAAATTTAGTGTTTGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 117123 CCCCTTTTCTCTCAAATCCAGGTA...TAGGGACAAATTTAGTGTTTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GATGAAATCACTGCATTACAACCTGAAGTAGATAAGTTAAAAACTCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121118 GATGAAATCACTGCATTACAACCTGAAGTAGATAAGTTAAAAACTCTAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGTGAACAAAATTATTGCACTGGGACATTCGGGTTTTGAAATGGATAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121168 TGTGAACAAAATTATTGCACTGGGACATTCGGGTTTTGAAATGGATAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCATCGCTCAGAAAGTGAGGGGTGTGGACGTCGTGGTGGGAGGACACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121218 TCATCGCTCAGAAAGTGAGGGGTGTGGACGTCGTGGTGGGAGGACACTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AACACATTTCTTTACACAGGTAATTGTTTCAAAAGGATTGCATGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121268 AACACATTTCTTTACACAGGTAATTGTTTCAAAAGGATTGCATGGGCCAG

    800     .    :
    783 GATGTCCAGA
        ||||||||||
 121318 GATGTCCAGA