seq1 = pF1KE5338.tfa, 792 bp
seq2 = pF1KE5338/gi568815597r_155086138.tfa (gi568815597r:155086138_155292843), 206706 bp

>pF1KE5338 792
>gi568815597r:155086138_155292843 (Chr1)

(complement)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-186  (100534-100661)   100% ->
187-255  (104613-104681)   100% ->
256-311  (104781-104836)   100% ->
312-448  (104986-105122)   100% ->
449-570  (105268-105389)   100% ->
571-720  (105470-105619)   100% ->
721-792  (106635-106706)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACACCGGGCACCCAGTCTCCTTTCTTCCTGCTGCTGCTCCTCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACACCGGGCACCCAGTCTCCTTTCTTCCTGCTGCTGCTCCTCACAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTTACAG         CTACCACAGCCCCTAAACCCGCAACAGTTGTTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTTACAGGTG...CAGCTACCACAGCCCCTAAACCCGCAACAGTTGTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGGTTCTGGTCATGCAAGCTCTACCCCAGGTGGAGAAAAGGAGACTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100567 CGGGTTCTGGTCATGCAAGCTCTACCCCAGGTGGAGAAAAGGAGACTTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTACCCAGAGAAGTTCAGTGCCCAGCTCTACTGAGAAGAATGCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100617 GCTACCCAGAGAAGTTCAGTGCCCAGCTCTACTGAGAAGAATGCTGTG..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     TTTAATTCCTCTCTGGAAGATCCCAGCACCGACTACTACCAAGAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100667 .CAGTTTAATTCCTCTCTGGAAGATCCCAGCACCGACTACTACCAAGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCAGAGAGACATTTCTGAAATG         TTTTTGCAGATTTATAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104659 TGCAGAGAGACATTTCTGAAATGGTG...CAGTTTTTGCAGATTTATAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAAGGGGGTTTTCTGGGCCTCTCCAATATTAAGTTCAG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104799 CAAGGGGGTTTTCTGGGCCTCTCCAATATTAAGTTCAGGTA...CAGGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGGATCTGTGGTGGTACAATTGACTCTGGCCTTCCGAGAAGGTACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104989 AGGATCTGTGGTGGTACAATTGACTCTGGCCTTCCGAGAAGGTACCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGTCCACGACGTGGAGACACAGTTCAATCAGTATAAAACGGAAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105039 ATGTCCACGACGTGGAGACACAGTTCAATCAGTATAAAACGGAAGCAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCTCGATATAACCTGACGATCTCAGACGTCAGCG         TGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105089 TCTCGATATAACCTGACGATCTCAGACGTCAGCGGTG...TAGTGAGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGTGCCATTTCCTTTCTCTGCCCAGTCTGGGGCTGGGGTGCCAGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105275 TGTGCCATTTCCTTTCTCTGCCCAGTCTGGGGCTGGGGTGCCAGGCTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCATCGCGCTGCTGGTGCTGGTCTGTGTTCTGGTTGCGCTGGCCATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105325 GCATCGCGCTGCTGGTGCTGGTCTGTGTTCTGGTTGCGCTGGCCATTGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATCTCATTGCCTTG         GCTGTCTGTCAGTGCCGCCGAAAGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105375 TATCTCATTGCCTTGGTG...CAGGCTGTCTGTCAGTGCCGCCGAAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTACGGGCAGCTGGACATCTTTCCAGCCCGGGATACCTACCATCCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105496 CTACGGGCAGCTGGACATCTTTCCAGCCCGGGATACCTACCATCCTATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCGAGTACCCCACCTACCACACCCATGGGCGCTATGTGCCCCCTAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105546 GCGAGTACCCCACCTACCACACCCATGGGCGCTATGTGCCCCCTAGCAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACCGATCGTAGCCCCTATGAGAAG         GTTTCTGCAGGTAATGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105596 ACCGATCGTAGCCCCTATGAGAAGGTG...CAGGTTTCTGCAGGTAATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGGCAGCAGCCTCTCTTACACAAACCCAGCAGTGGCAGCCACTTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106652 TGGCAGCAGCCTCTCTTACACAAACCCAGCAGTGGCAGCCACTTCTGCCA

    850     .
    788 ACTTG
        |||||
 106702 ACTTG