seq1 = pF1KE5335.tfa, 804 bp
seq2 = pF1KE5335/gi568815591f_155544877.tfa (gi568815591f:155544877_155801009), 256133 bp

>pF1KE5335 804
>gi568815591f:155544877_155801009 (Chr7)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-122  (120299-120377)   100% ->
123-171  (127991-128039)   100% ->
172-248  (133732-133808)   100% ->
249-567  (135714-136032)   100% ->
568-804  (155897-156133)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCGCCCTGGGAGCGAGCGGAGGAGCAGGCGCCGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGGCGGCCGCCCTGGGAGCGAGCGGAGGAGCAGGCGCCGGAGGTA...T

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   ATGATGACTTTGACCAGTTTGATAAGCCTGGCGCGGAACGGTCGTGGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120297 AGATGATGACTTTGACCAGTTTGATAAGCCTGGCGCGGAACGGTCGTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAAGAAGAGCTGCTGATGAGGACTGGGACAG         TGAACTTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120347 GAAGAAGAGCTGCTGATGAGGACTGGGACAGGTA...AAGTGAACTTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GATGATTTACTTGGAGAAGATTTGCTATCTGGCAAAAAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 128001 GATGATTTACTTGGAGAAGATTTGCTATCTGGCAAAAAGGTA...TAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TCAGTCGGATTTGTCAGATGAAGAGCTAAATGATGATCTTTTGCAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133734 TCAGTCGGATTTGTCAGATGAAGAGCTAAATGATGATCTTTTGCAGAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATAATGAAGATGAAGAAAATTTCAG         TTCTCAGGGTGTTACA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 133784 ATAATGAAGATGAAGAAAATTTCAGGTA...TAGTTCTCAGGGTGTTACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 ATTAGTCTGAATGCTACATCTGGCATGGTTACATCATTTGAACTCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135730 ATTAGTCTGAATGCTACATCTGGCATGGTTACATCATTTGAACTCTCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CAACACTAACGACCAATCTGGAGAACAGGAATCTGAGTATGAACAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135780 CAACACTAACGACCAATCTGGAGAACAGGAATCTGAGTATGAACAAGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGGAGAGGATGAACTGGTTTATCACAAATCTGATGGATCAGAATTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135830 AAGGAGAGGATGAACTGGTTTATCACAAATCTGATGGATCAGAATTGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACTCAAGAGTACCCAGAAGAAGGACAGTATGAAGGCCACGAAGCTGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135880 ACTCAAGAGTACCCAGAAGAAGGACAGTATGAAGGCCACGAAGCTGAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GACAGAAGACCAAATAGAATATGTGGAAGAGCCAGAGGAGGAGCAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135930 GACAGAAGACCAAATAGAATATGTGGAAGAGCCAGAGGAGGAGCAGCTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACACTGATGAAGTGTTAGACATCGAGATCAATGAACCTTTAGATGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135980 ACACTGATGAAGTGTTAGACATCGAGATCAATGAACCTTTAGATGAATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACA         GGAGGTATGGAAACATTGGAACTTCAAAAGGACATCAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136030 ACAGTG...TAGGGAGGTATGGAAACATTGGAACTTCAAAAGGACATCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGAAGAATCAGATGAAGAAGAAGAAGATGATGAAGAATCTGGACGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155935 AGAAGAATCAGATGAAGAAGAAGAAGATGATGAAGAATCTGGACGATTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTTTCAAAACTGAAAGGAAAGAAGGAACAATTATTAGGCTCTCAGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155985 GTTTCAAAACTGAAAGGAAAGAAGGAACAATTATTAGGCTCTCAGATGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACTAGAGAGAGAAGGAACATTCCAGAAACTTTGGGTAACTTTTTTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156035 ACTAGAGAGAGAAGGAACATTCCAGAAACTTTGGGTAACTTTTTTGCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    756 TCTCCCATCCTCCTTTACTCTCATTTCAACTTCCTCCATAGTATTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156085 TCTCCCATCCTCCTTTACTCTCATTTCAACTTCCTCCATAGTATTGCTG