seq1 = pF1KE5334.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KE5334/gi568815575f_96784311.tfa (gi568815575f:96784311_96985093), 200783 bp

>pF1KE5334 783
>gi568815575f:96784311_96985093 (ChrX)

1-783  (100001-100783)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTAAGAGTGGGTTTGGGAGCTATGGCAGCATTTCTGCTGCTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTAAGAGTGGGTTTGGGAGCTATGGCAGCATTTCTGCTGCTGATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGAGTGGAGGCAGTGACCAACTGTGTGAGAGAGATGCAACTCCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCGAGTGGAGGCAGTGACCAACTGTGTGAGAGAGATGCAACTCCTGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTAAGACCCAAAGACCTAAGGTCCGAATTCAGGACGTTGTACCGTGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTAAGACCCAAAGACCTAAGGTCCGAATTCAGGACGTTGTACCGTGTAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGAACCAGCTTCTCAGCTCTACTGTGTTTGACCCTGTGTTCAAGGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGAACCAGCTTCTCAGCTCTACTGTGTTTGACCCTGTGTTCAAGGTTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGAATTATAGTTTCCCAGGTCTCCATCGTGGGGGTAATCAGAGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGAATTATAGTTTCCCAGGTCTCCATCGTGGGGGTAATCAGAGGGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAAGGCTTCAAATCACATTTGTTACAAAATTGATGATATGACCGCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAAGGCTTCAAATCACATTTGTTACAAAATTGATGATATGACCGCGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCAATCGAGGCCCGACAGTGGTTTGGTAGAGAGAAAGTCAAGCAGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCAATCGAGGCCCGACAGTGGTTTGGTAGAGAGAAAGTCAAGCAGGTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCCATTGTCAGTCGGAGTATATGTCAAAGTGTTTGGTATCCTCAAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCCATTGTCAGTCGGAGTATATGTCAAAGTGTTTGGTATCCTCAAATGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCACGGGAACAAAGAGCCTTGAGGTATTGAAAATTCATGTCCTAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCACGGGAACAAAGAGCCTTGAGGTATTGAAAATTCATGTCCTAGAGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATGAACGAGTTCACCGTGCATATTCTGGAAACGGTCAATGCACACATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATGAACGAGTTCACCGTGCATATTCTGGAAACGGTCAATGCACACATGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTGGATAAAGCCCGTCGTGATACCACTGTAGAAAGTGTGCCTGTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTGGATAAAGCCCGTCGTGATACCACTGTAGAAAGTGTGCCTGTGTCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CATCAGAAGTGAATGATGCTGGGGATAACGATGAGAGTCACCGCAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CATCAGAAGTGAATGATGCTGGGGATAACGATGAGAGTCACCGCAATTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCCAGGACGAAGTGCTGCGTTTGATTCATGAGTGTCCTCATCAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATCCAGGACGAAGTGCTGCGTTTGATTCATGAGTGTCCTCATCAGGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAAGAGCATCCATGAGCTCCGGGCTCAGCTCTGCGACCTTAGCGTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAAGAGCATCCATGAGCTCCGGGCTCAGCTCTGCGACCTTAGCGTCAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCATCAAGGAAGCGATTGATTATCTGACCGTTGAGGGCCACATCTATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCATCAAGGAAGCGATTGATTATCTGACCGTTGAGGGCCACATCTATCCC

    750     .    :    .    :    .    :
    751 ACTGTGGATCGGGAGCATTTTAAGTCTGCTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACTGTGGATCGGGAGCATTTTAAGTCTGCTGAT