seq1 = pF1KE5332.tfa, 870 bp
seq2 = pF1KE5332/gi568815589f_5356114.tfa (gi568815589f:5356114_5566829), 210716 bp

>pF1KE5332 870
>gi568815589f:5356114_5566829 (Chr9)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-394  (100966-101307)   100% ->
395-682  (106721-107008)   100% ->
683-790  (109386-109493)   100% ->
791-850  (110657-110716)   100% ->
851-870  (111727-111746)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGATATTTGCTGTCTTTATATTCATGACCTACTGGCATTTGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGATATTTGCTGTCTTTATATTCATGACCTACTGGCATTTGCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CG         CATTTACTGTCACGGTTCCCAAGGACCTATATGTGGTAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGTA...TAGCATTTACTGTCACGGTTCCCAAGGACCTATATGTGGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTATGGTAGCAATATGACAATTGAATGCAAATTCCCAGTAGAAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101005 AGTATGGTAGCAATATGACAATTGAATGCAAATTCCCAGTAGAAAAACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTAGACCTGGCTGCACTAATTGTCTATTGGGAAATGGAGGATAAGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101055 TTAGACCTGGCTGCACTAATTGTCTATTGGGAAATGGAGGATAAGAACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATTCAATTTGTGCATGGAGAGGAAGACCTGAAGGTTCAGCATAGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101105 TATTCAATTTGTGCATGGAGAGGAAGACCTGAAGGTTCAGCATAGTAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAGACAGAGGGCCCGGCTGTTGAAGGACCAGCTCTCCCTGGGAAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101155 ACAGACAGAGGGCCCGGCTGTTGAAGGACCAGCTCTCCCTGGGAAATGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCACTTCAGATCACAGATGTGAAATTGCAGGATGCAGGGGTGTACCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101205 GCACTTCAGATCACAGATGTGAAATTGCAGGATGCAGGGGTGTACCGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATGATCAGCTATGGTGGTGCCGACTACAAGCGAATTACTGTGAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101255 CATGATCAGCTATGGTGGTGCCGACTACAAGCGAATTACTGTGAAAGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATG         CCCCATACAACAAAATCAACCAAAGAATTTTGGTTGTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101305 ATGGTA...TAGCCCCATACAACAAAATCAACCAAAGAATTTTGGTTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATCCAGTCACCTCTGAACATGAACTGACATGTCAGGCTGAGGGCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106759 GATCCAGTCACCTCTGAACATGAACTGACATGTCAGGCTGAGGGCTACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAGGCCGAAGTCATCTGGACAAGCAGTGACCATCAAGTCCTGAGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106809 CAAGGCCGAAGTCATCTGGACAAGCAGTGACCATCAAGTCCTGAGTGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGACCACCACCACCAATTCCAAGAGAGAGGAGAAGCTTTTCAATGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106859 AGACCACCACCACCAATTCCAAGAGAGAGGAGAAGCTTTTCAATGTGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGCACACTGAGAATCAACACAACAACTAATGAGATTTTCTACTGCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106909 AGCACACTGAGAATCAACACAACAACTAATGAGATTTTCTACTGCACTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TAGGAGATTAGATCCTGAGGAAAACCATACAGCTGAATTGGTCATCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106959 TAGGAGATTAGATCCTGAGGAAAACCATACAGCTGAATTGGTCATCCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683          AACTACCTCTGGCACATCCTCCAAATGAAAGGACTCACTTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107009 GTA...CAGAACTACCTCTGGCACATCCTCCAAATGAAAGGACTCACTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTAATTCTGGGAGCCATCTTATTATGCCTTGGTGTAGCACTGACATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109427 GTAATTCTGGGAGCCATCTTATTATGCCTTGGTGTAGCACTGACATTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTTCCGTTTAAGAAAAG         GGAGAATGATGGATGTGAAAAAAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109477 CTTCCGTTTAAGAAAAGGTA...AAGGGAGAATGATGGATGTGAAAAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTGGCATCCAAGATACAAACTCAAAGAAGCAAAGTG         ATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110681 GTGGCATCCAAGATACAAACTCAAAGAAGCAAAGTGGTA...CAGATACA

    900     .    :    .
    856 CATTTGGAGGAGACG
        |||||||||||||||
 111732 CATTTGGAGGAGACG