seq1 = pF1KE5329.tfa, 819 bp
seq2 = pF1KE5329/gi568815589f_5422547.tfa (gi568815589f:5422547_5663211), 240665 bp

>pF1KE5329 819
>gi568815589f:5422547_5663211 (Chr9)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-361  (112199-112504)   100% ->
362-631  (126789-127058)   100% ->
632-766  (135072-135206)   99% ->
767-819  (140616-140667)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCTTCCTCCTGCTAATGTTGAGCCTGGAATTGCAGCTTCACCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCTTCCTCCTGCTAATGTTGAGCCTGGAATTGCAGCTTCACCAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCAG         CTTTATTCACAGTGACAGTCCCTAAGGAACTGTACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCAGGTA...CAGCTTTATTCACAGTGACAGTCCCTAAGGAACTGTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAATAGAGCATGGCAGCAATGTGACCCTGGAATGCAACTTTGACACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112235 TAATAGAGCATGGCAGCAATGTGACCCTGGAATGCAACTTTGACACTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTCATGTGAACCTTGGAGCAATAACAGCCAGTTTGCAAAAGGTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112285 AGTCATGTGAACCTTGGAGCAATAACAGCCAGTTTGCAAAAGGTGGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATACATCCCCACACCGTGAAAGAGCCACTTTGCTGGAGGAGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112335 TGATACATCCCCACACCGTGAAAGAGCCACTTTGCTGGAGGAGCAGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCTAGGGAAGGCCTCGTTCCACATACCTCAAGTCCAAGTGAGGGACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112385 CCCTAGGGAAGGCCTCGTTCCACATACCTCAAGTCCAAGTGAGGGACGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGACAGTACCAATGCATAATCATCTATGGGGTCGCCTGGGACTACAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112435 GGACAGTACCAATGCATAATCATCTATGGGGTCGCCTGGGACTACAAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTGACTCTGAAAGTCAAAG         CTTCCTACAGGAAAATAAACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112485 CCTGACTCTGAAAGTCAAAGGTG...CAGCTTCCTACAGGAAAATAAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCACATCCTAAAGGTTCCAGAAACAGATGAGGTAGAGCTCACCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126810 CTCACATCCTAAAGGTTCCAGAAACAGATGAGGTAGAGCTCACCTGCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCTACAGGTTATCCTCTGGCAGAAGTATCCTGGCCAAACGTCAGCGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126860 GCTACAGGTTATCCTCTGGCAGAAGTATCCTGGCCAAACGTCAGCGTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGCCAACACCAGCCACTCCAGGACCCCTGAAGGCCTCTACCAGGTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126910 TGCCAACACCAGCCACTCCAGGACCCCTGAAGGCCTCTACCAGGTCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GTGTTCTGCGCCTAAAGCCACCCCCTGGCAGAAACTTCAGCTGTGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126960 GTGTTCTGCGCCTAAAGCCACCCCCTGGCAGAAACTTCAGCTGTGTGTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TGGAATACTCACGTGAGGGAACTTACTTTGGCCAGCATTGACCTTCAAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 127010 TGGAATACTCACGTGAGGGAACTTACTTTGGCCAGCATTGACCTTCAAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    632         GTCAGATGGAACCCAGGACCCATCCAACTTGGCTGCTTCACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127060 TA...CAGGTCAGATGGAACCCAGGACCCATCCAACTTGGCTGCTTCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTTTCATCCCCTCCTGCATCATTGCTTTCATTTTCATAGCCACAGTGATA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135114 TTTTCATCCCCTTCTGCATCATTGCTTTCATTTTCATAGCCACAGTGATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCCTAAGAAAACAACTCTGTCAAAAGCTGTATTCTTCAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 135164 GCCCTAAGAAAACAACTCTGTCAAAAGCTGTATTCTTCAAAAGGTA...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    767   ACACAACAAAAAGACCTGTCACCACAACAAAGAGGGAAGTGAACAGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140614 AGACACAACAAAAAGACCTGTCACCACAACAAAGAGGGAAGTGAACAGTG

    850     .
    815 CTATC
        || |-
 140664 CTGT