seq1 = pF1KE5321.tfa, 849 bp
seq2 = pF1KE5321/gi568815590f_42294212.tfa (gi568815590f:42294212_42505459), 211248 bp

>pF1KE5321 849
>gi568815590f:42294212_42505459 (Chr8)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-117  (100873-100922)   100% ->
118-270  (104501-104653)   100% ->
271-323  (105440-105492)   100% ->
324-551  (107577-107804)   100% ->
552-702  (109100-109250)   100% ->
703-760  (110656-110713)   100% ->
761-849  (111160-111248)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTAACACACCAACGTACTGTGACCTAGGAAAGGCTGCTAAGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTAACACACCAACGTACTGTGACCTAGGAAAGGCTGCTAAGGATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCAACAAAGGATATG         GCTTTGGCATGGTCAAGATAGACC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCAACAAAGGATATGGTA...TAGGCTTTGGCATGGTCAAGATAGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAAAACCAAGTCTTGTAGTGGAGTG         GAATTTTCTACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100897 TGAAAACCAAGTCTTGTAGTGGAGTGGTG...CAGGAATTTTCTACTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGTCATGCTTACACTGATACAGGGAAAGCATCAGGCAACCTAGAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104516 GGTCATGCTTACACTGATACAGGGAAAGCATCAGGCAACCTAGAAACCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATATAAGGTCTGTAACTATGGACTTACCTTCACCCAGAAATGGAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104566 ATATAAGGTCTGTAACTATGGACTTACCTTCACCCAGAAATGGAACACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAATACTCTAGGGACAGAAATCTCTTGGGAGAATAAG         TTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104616 ACAATACTCTAGGGACAGAAATCTCTTGGGAGAATAAGGTA...CAGTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCTGAAGGGTTGAAACTGACTCTTGATACCATATTTGTACCGAACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105443 GCTGAAGGGTTGAAACTGACTCTTGATACCATATTTGTACCGAACACAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324          AAAGAAGAGTGGGAAATTGAAGGCCTCCTATAAACGGGATT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105493 GTA...CAGAAAGAAGAGTGGGAAATTGAAGGCCTCCTATAAACGGGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTTTTAGTGTTGGCAGTAATGTTGATATAGATTTTTCTGGACCAACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107618 GTTTTAGTGTTGGCAGTAATGTTGATATAGATTTTTCTGGACCAACCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TATGGCTGGGCTGTGTTGGCCTTCGAAGGGTGGCTTGCTGGCTATCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107668 TATGGCTGGGCTGTGTTGGCCTTCGAAGGGTGGCTTGCTGGCTATCAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAGTTTTGACACAGCCAAATCCAAACTGTCACAGAATAATTTCGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107718 GAGTTTTGACACAGCCAAATCCAAACTGTCACAGAATAATTTCGCCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTTACAAGGCTGCGGACTTCCAGCTGCACACACATGT         GAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107768 GTTACAAGGCTGCGGACTTCCAGCTGCACACACATGTGTG...CAGGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGGCACTGAATTTGGAGGTTCTATCTACCAGAAGGTGAATGAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109104 GATGGCACTGAATTTGGAGGTTCTATCTACCAGAAGGTGAATGAGAAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAAACATCCATAAACCTTGCTTGGACAGCTGGGAGTAACAACACCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109154 TGAAACATCCATAAACCTTGCTTGGACAGCTGGGAGTAACAACACCCGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGGCATTGCTGCTAAGTACATGCTGGATTGTAGAACTTCTCTCTCT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109204 TTGGCATTGCTGCTAAGTACATGCTGGATTGTAGAACTTCTCTCTCTGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703       GCTAAAGTAAATAATGCCAGCCTGATTGGACTGGGTTATACTCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109254 ...TAGGCTAAAGTAAATAATGCCAGCCTGATTGGACTGGGTTATACTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GACCCTTCGACCAG         GAGTCAAATTGACTTTATCAGCTTTAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110700 GACCCTTCGACCAGGTA...TAGGAGTCAAATTGACTTTATCAGCTTTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCGATGGGAAGAACTTCAGTGCAGGAGGTCACAAGGTTGGCTTGGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111187 TCGATGGGAAGAACTTCAGTGCAGGAGGTCACAAGGTTGGCTTGGGATTT

    900     .    :
    838 GAACTGGAAGCT
        ||||||||||||
 111237 GAACTGGAAGCT