seq1 = pF1KE5320.tfa, 873 bp
seq2 = pF1KE5320/gi568815589f_105594661.tfa (gi568815589f:105594661_105874077), 279417 bp

>pF1KE5320 873
>gi568815589f:105594661_105874077 (Chr9)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-269  (110937-111093)   100% ->
270-454  (126877-127061)   100% ->
455-542  (127874-127961)   100% ->
543-660  (153413-153530)   100% ->
661-873  (179205-179417)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCTCCATGGGACGAGTTGGCTCTGGCCTTCTCCCGCACGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTCTCCATGGGACGAGTTGGCTCTGGCCTTCTCCCGCACGTCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTCCCTTTTTTGACATCGCGCACTATCTAGTGTCAGTGATGGCGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTTCCCTTTTTTGACATCGCGCACTATCTAGTGTCAGTGATGGCGGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACGTCAGCCGG         GAGCAGCTGCATTGGCATGGAAGAATCCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACGTCAGCCGGGTG...CAGGAGCAGCTGCATTGGCATGGAAGAATCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTTCAAGCTGGTTTACTGCTATGCTCCACTGTTTTGGTGGAGGAATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110966 ATTTCAAGCTGGTTTACTGCTATGCTCCACTGTTTTGGTGGAGGAATTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCCTGTCTACTGCTTGCAGAGCCTCCATTGAAGTTTCTTGCAAACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111016 ATCCTGTCTACTGCTTGCAGAGCCTCCATTGAAGTTTCTTGCAAACCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTAACATATTACTGGCATCTTCAATCTG         GTATATTACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111066 CTAACATATTACTGGCATCTTCAATCTGGTA...CAGGTATATTACATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTTGCCCGCATGACCTAGTTTCCCAGGGCTATTCATATCTACCTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126890 TTTTGCCCGCATGACCTAGTTTCCCAGGGCTATTCATATCTACCTGTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTACTGGCTTCGGGAATGAAGGAAGTGACCAGAACTTGGAAAATAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126940 ACTACTGGCTTCGGGAATGAAGGAAGTGACCAGAACTTGGAAAATAGTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGGAGTCACACATGCTAATAGCTATTACAAAAATGGCTGGATAGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126990 GTGGAGTCACACATGCTAATAGCTATTACAAAAATGGCTGGATAGTCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATAGCTATTGGATGGGCCCGAG         GTGCAGGTGGTACCATTAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 127040 ATAGCTATTGGATGGGCCCGAGGTA...TAGGTGCAGGTGGTACCATTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AACGAATTTTGAGAGGTTGGTAAAAGGAGATTGGAAACCAGAAGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127893 AACGAATTTTGAGAGGTTGGTAAAAGGAGATTGGAAACCAGAAGGTGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AATGGCTGAAGATGTCATA         CCCTGCCAAGGTAACCCTGCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 127943 AATGGCTGAAGATGTCATAGTA...CAGCCCTGCCAAGGTAACCCTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGTCAGTTATCTTCACATTCCAGCACACCCAGCATCTGGCAATATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153435 GGGTCAGTTATCTTCACATTCCAGCACACCCAGCATCTGGCAATATCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCATAATCTTATGTTCCTTTATACCATCTTTATTGTGGCCACAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 153485 GCATAATCTTATGTTCCTTTATACCATCTTTATTGTGGCCACAAAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661      ATAACCATGATGACTACACAGACTTCTACTATGACATTTGCTCCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153535 ..CAGATAACCATGATGACTACACAGACTTCTACTATGACATTTGCTCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTTGAGGATACATTGAGTTGGATGCTATTTGGCTGGCAGCAGCCGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179250 TTTGAGGATACATTGAGTTGGATGCTATTTGGCTGGCAGCAGCCGTTTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATCATGTGAGAAGAAAAGTGAAGCAAAGTCACCTTCCAATGGCGTTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179300 ATCATGTGAGAAGAAAAGTGAAGCAAAGTCACCTTCCAATGGCGTTGGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CATTGGCCTCAAAGCCGGTAGATGTTGCCTCAGATAATGTTAAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179350 CATTGGCCTCAAAGCCGGTAGATGTTGCCTCAGATAATGTTAAAAAGAAA

    900     .    :    .
    856 CATACTAAGAAGAATGAA
        ||||||||||||||||||
 179400 CATACTAAGAAGAATGAA