seq1 = pF1KE5318.tfa, 858 bp
seq2 = pF1KE5318/gi568815581f_45062794.tfa (gi568815581f:45062794_45269806), 207013 bp

>pF1KE5318 858
>gi568815581f:45062794_45269806 (Chr17)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-858  (106222-107013)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGCCACTCCGAACCAGACCGCCTGTAATGCAGAGTCACCAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGCCACTCCGAACCAGACCGCCTGTAATGCAGAGTCACCAGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGAGGAGGCCAAG         ACCTCTGGTGCCCCGGGGAGCCCCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGAGGAGGCCAAGGTA...TAGACCTCTGGTGCCCCGGGGAGCCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAACACCCCCTGAGCGTCATGACTCTGGTGGTTCCCTGCCCCTGACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106247 AAACACCCCCTGAGCGTCATGACTCTGGTGGTTCCCTGCCCCTGACACCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGATGGAGAGCCACTCAGAGGATGAAGATCTTGCTGGGGCTGTCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106297 CGGATGGAGAGCCACTCAGAGGATGAAGATCTTGCTGGGGCTGTCGGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGGGCTGGAACAGTAGGAGTCCCCGGACCCAGAGCCCAGGGGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106347 CCTGGGCTGGAACAGTAGGAGTCCCCGGACCCAGAGCCCAGGGGGCTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGCGGAGGCTGTGCTGGCCCGGAAGAAACACCGTCGGCGGCCATCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106397 CAGCGGAGGCTGTGCTGGCCCGGAAGAAACACCGTCGGCGGCCATCGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCAAAAGGCACTGGCGACCCTACCTGGAGCTGAGCTGGGCTGAGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106447 CGCAAAAGGCACTGGCGACCCTACCTGGAGCTGAGCTGGGCTGAGAAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACAGCGGGATGAGAGGCAGAGCCAGAGGGCCTCCCGGGTCCGCGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106497 ACAGCGGGATGAGAGGCAGAGCCAGAGGGCCTCCCGGGTCCGCGAAGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGTTCGCCAAAGGCCAGCCCGTGGCCCCCTACAACACCACCCAGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106547 TGTTCGCCAAAGGCCAGCCCGTGGCCCCCTACAACACCACCCAGTTCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATGAATGACAGGGACCCGGAGGAGCCCAACTTGGATGTGCCCCATGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106597 ATGAATGACAGGGACCCGGAGGAGCCCAACTTGGATGTGCCCCATGGGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTCCCACCCAGGTTCCAGTGGGGAGAGTGAGGCCGGGGACAGTGATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106647 CTCCCACCCAGGTTCCAGTGGGGAGAGTGAGGCCGGGGACAGTGATGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGGGCCGAGCGCACGGTGAGTTCCAGCGGAAGGACTTCTCTGAGACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106697 GGGGCCGAGCGCACGGTGAGTTCCAGCGGAAGGACTTCTCTGAGACTTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAACGCTTCCACACCGAGAGCCTGCAGGGCCGCAGCAAGCAGGAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106747 GAACGCTTCCACACCGAGAGCCTGCAGGGCCGCAGCAAGCAGGAGCTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCGAGACTACCTGGAGCTGGAGAAGCGGCTGTCGCAGGCGGAGGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106797 GCGAGACTACCTGGAGCTGGAGAAGCGGCTGTCGCAGGCGGAGGAGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTAGGAGGCTGCAGCAGCTGCAGGCGTGCACCGGCCAGCAGTCCTGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106847 CTAGGAGGCTGCAGCAGCTGCAGGCGTGCACCGGCCAGCAGTCCTGCCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAGGTGGAGGAGCTGGCTGCCGAGGTCCAGAGGCTCCGGACCGAAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106897 CAGGTGGAGGAGCTGGCTGCCGAGGTCCAGAGGCTCCGGACCGAAAACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCGGCTTCGTCAGGAGAACCAGATGTGGAACCGAGAGGGCTGCCGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106947 GCGGCTTCGTCAGGAGAACCAGATGTGGAACCGAGAGGGCTGCCGCTGTG

    850     .    :    .
    842 ATGAGGAGCCGGGTACC
        |||||||||||||||||
 106997 ATGAGGAGCCGGGTACC