seq1 = pF1KE5317.tfa, 867 bp
seq2 = pF1KE5317/gi568815595r_178925020.tfa (gi568815595r:178925020_179167752), 242733 bp

>pF1KE5317 867
>gi568815595r:178925020_179167752 (Chr3)

(complement)

1-270  (100001-100270)   100% ->
271-390  (136754-136873)   100% ->
391-557  (139941-140107)   99% ->
558-658  (140230-140330)   100% ->
659-867  (142525-142733)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCCTCTTGCAACACGCCGTGCTTCCTCCACCTAAGCAGCCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCCTCTTGCAACACGCCGTGCTTCCTCCACCTAAGCAGCCCTCACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCGCCTCCTATGTCAGTGGCCACCAGGTCTACAGGAACCTTGCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCGCCTCCTATGTCAGTGGCCACCAGGTCTACAGGAACCTTGCAGCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACCACAGAAGCCTTTTGGGCAGGAGGCTTCCTTGCCTCTTGCAGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACCACAGAAGCCTTTTGGGCAGGAGGCTTCCTTGCCTCTTGCAGGGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAGAGTTATCGAAGGGAGGGGAGCAAGACTGTGCCCTGGAGGAGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAAGAGTTATCGAAGGGAGGGGAGCAAGACTGTGCCCTGGAGGAGCTATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAAGCCCCTGTACTGCAAACTCTGCAATGTCACCTTGAACTCTGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAAGCCCCTGTACTGCAAACTCTGCAATGTCACCTTGAACTCTGCACAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAGCCCAGGCTCATTATCAG         GGTAAAAATCATGGTAAGAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100251 AAGCCCAGGCTCATTATCAGGTA...TAGGGTAAAAATCATGGTAAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCCGAAATTACTATGCAGCAAATAGCTGTCCTCCTCCTGCTAGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136775 CTCCGAAATTACTATGCAGCAAATAGCTGTCCTCCTCCTGCTAGAATGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAATGTGGTCGAGCCTGCAGCTACTCCAGTTGTTCCAGTCCCTCCGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 136825 CAATGTGGTCGAGCCTGCAGCTACTCCAGTTGTTCCAGTCCCTCCGCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391         ATGGGCTCCTTTAAGCCAGGAGGCCGGGTGATCCTGGCCACG
        >>...>>>|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 136875 TG...CAGATGGGCTCCTTTAAGCCAGGAGGCCGAGTGATCCTGGCCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGAATGATTACTGTAAGCTCTGTGATGCCTCCTTCAGTTCCCCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139983 GAGAATGATTACTGTAAGCTCTGTGATGCCTCCTTCAGTTCCCCAGCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGCTCAGGCTCACTATCAAGGGAAGAATCATGCCAAGAGGCTGCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140033 GGCTCAGGCTCACTATCAAGGGAAGAATCATGCCAAGAGGCTGCGGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGGAAGCTCAGAGTAACTCATTCTC         GGAATCCTCAGAGCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 140083 CGGAAGCTCAGAGTAACTCATTCTCGTA...CAGGGAATCCTCAGAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGTCAACGGCGGGCCAGGAAAGAAGGGAATGAGTTTAAGATGATGCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140246 GGTCAACGGCGGGCCAGGAAAGAAGGGAATGAGTTTAAGATGATGCCTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGGAGAAATATGTATACAGTACAGAATAATTCAG         CAGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 140296 CAGGAGAAATATGTATACAGTACAGAATAATTCAGGTA...TAGCAGGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTTACTTCAATCCCCGCTCTCGGCAGAGAATTCCACGTGATCTGGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142531 CTTACTTCAATCCCCGCTCTCGGCAGAGAATTCCACGTGATCTGGCCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGTGTTACTCCAAGTGGCCAGTTTTACTGCTCAATGTGTAATGTTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142581 TGTGTTACTCCAAGTGGCCAGTTTTACTGCTCAATGTGTAATGTTGGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGGCGAAGAGATGGAATTCCGGCAGCATTTAGAGAGCAAGCAACATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142631 TGGCGAAGAGATGGAATTCCGGCAGCATTTAGAGAGCAAGCAACATAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCAAGGTGTCTGAACAGCGGTACAGGAATGAGATGGAGAATCTGGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142681 GCAAGGTGTCTGAACAGCGGTACAGGAATGAGATGGAGAATCTGGGATAT

    900 
    865 GTA
        |||
 142731 GTA