seq1 = pF1KE5315.tfa, 909 bp
seq2 = pF1KE5315/gi568815597f_1208644.tfa (gi568815597f:1208644_1411376), 202733 bp

>pF1KE5315 909
>gi568815597f:1208644_1411376 (Chr1)

1-77  (100001-100077)   100% ->
78-135  (100272-100329)   100% ->
136-323  (100443-100630)   100% ->
324-473  (100811-100960)   100% ->
474-644  (101038-101208)   100% ->
645-699  (101991-102045)   100% ->
700-862  (102266-102428)   100% ->
863-909  (102687-102733)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTTCGGCGCCGGCCTCAGGCTCCGTGCGCGCGCGCTATCTTGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTTCGGCGCCGGCCTCAGGCTCCGTGCGCGCGCGCTATCTTGTGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCAGTACGTGGGCACCGACTTTAA         CGGGGTCGCGGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100051 CTTCCAGTACGTGGGCACCGACTTTAAGTA...CAGCGGGGTCGCGGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGGGGCACTCAGCGCGCCGTCGGGGTCCAGAACTACCTGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100286 TCAGGGGCACTCAGCGCGCCGTCGGGGTCCAGAACTACCTGGAGGTG...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    136    GAGGCCGCCGAGCGGCTGAATTCCGTGGAGCCGGTCAGGTTCACCAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100440 CAGGAGGCCGCCGAGCGGCTGAATTCCGTGGAGCCGGTCAGGTTCACCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCCAGCCGCACGGACGCCGGGGTCCACGCCCTGAGCAACGCGGCGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100490 CTCCAGCCGCACGGACGCCGGGGTCCACGCCCTGAGCAACGCGGCGCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGACGTCCAGCGCCGCTCAGGCCGGCCGCCCTTCCCGCCCGAGGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100540 TGGACGTCCAGCGCCGCTCAGGCCGGCCGCCCTTCCCGCCCGAGGTCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCGAGGCCCTCAACACACACCTGCGGCACCCGGCCATCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100590 GCCGAGGCCCTCAACACACACCTGCGGCACCCGGCCATCAGGTG...TAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTCCTGCGGGCCTTCCGAGTGCCCAGCGACTTCCACGCTCGTCACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100811 GGTCCTGCGGGCCTTCCGAGTGCCCAGCGACTTCCACGCTCGTCACGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCACGTCCCGGACCTACCTGTACCGCCTGGCCACTGGCTGTCACCGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100861 CCACGTCCCGGACCTACCTGTACCGCCTGGCCACTGGCTGTCACCGGCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGAGCTGCCGGTGTTTGAACGCAACCTATGCTGGACTCTCCCGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100911 GATGAGCTGCCGGTGTTTGAACGCAACCTATGCTGGACTCTCCCGGCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474          CTGCCTGGATATGGTCGCCATGCAGGAAGCCGCCCAGCACC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100961 GTG...AAGCTGCCTGGATATGGTCGCCATGCAGGAAGCCGCCCAGCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCTCGGCACACACGACTTCAGCGCCTTCCAGTCCGCTGGCAGCCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101079 TCCTCGGCACACACGACTTCAGCGCCTTCCAGTCCGCTGGCAGCCCGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCGAGCCCCGTGCGAACGCTGCGCCGGGTCTCCGTTTCCCCAGGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101129 CCGAGCCCCGTGCGAACGCTGCGCCGGGTCTCCGTTTCCCCAGGCCAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGCCCCTTGGTCACCCCCGAGGAGAGCAG         GAAGCTGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101179 CAGCCCCTTGGTCACCCCCGAGGAGAGCAGGTG...CAGGAAGCTGCGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTGGAACCTGGAGTTTGAGAGCCAGTCTTTCCTGTATAGACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102002 TCTGGAACCTGGAGTTTGAGAGCCAGTCTTTCCTGTATAGACAGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700    GTACGGAGGATGACGGCTGTGCTGGTGGCCGTGGGGCTGGGGGCTTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102263 CAGGTACGGAGGATGACGGCTGTGCTGGTGGCCGTGGGGCTGGGGGCTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGCACCTGCCCAGGTGAAGACGATTCTGGAGAGCCAAGATCCCCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102313 GGCACCTGCCCAGGTGAAGACGATTCTGGAGAGCCAAGATCCCCTGGGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCACCAGACACGTGTAGCCCCAGCCCACGGCTTATTCCTCAAGTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102363 AGCACCAGACACGTGTAGCCCCAGCCCACGGCTTATTCCTCAAGTCAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGTACGGGAACCTCG         GTGCTGCCTCCTGCACCCTGCAGGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102413 CTGTACGGGAACCTCGGTA...CAGGTGCTGCCTCCTGCACCCTGCAGGG

    950     .    :    .    :
    888 GCCACAGTTCGGGAACCACGGA
        |||||||||||||| |||||||
 102712 GCCACAGTTCGGGAGCCACGGA