seq1 = pF1KE5309.tfa, 825 bp
seq2 = pF1KE5309/gi568815580f_35142471.tfa (gi568815580f:35142471_35354402), 211932 bp

>pF1KE5309 825
>gi568815580f:35142471_35354402 (Chr18)

1-414  (100001-100414)   100% ->
415-556  (100682-100823)   100% ->
557-646  (102792-102881)   100% ->
647-817  (111762-111932)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGTGGAATCTGGAGTGATTTCAACCCTGATACCTCAGGATCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGTGGAATCTGGAGTGATTTCAACCCTGATACCTCAGGATCCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAACAAGAACTAATACTAGTGAAAGTAGAAGATAACTTTTCCTGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAACAAGAACTAATACTAGTGAAAGTAGAAGATAACTTTTCCTGGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAATTTAAGCAGAATGGGAGTACTCAATCCTGCCAAGAATTGTTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAAATTTAAGCAGAATGGGAGTACTCAATCCTGCCAAGAATTGTTTCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCAATTCAGAAAATTTTGCTACCAGGAGACACCTGGGCCCCGGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCAATTCAGAAAATTTTGCTACCAGGAGACACCTGGGCCCCGGGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTGAGCCGACTCCAGGAACTTTGCTATCAGTGGCTAATGCCAGAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTGAGCCGACTCCAGGAACTTTGCTATCAGTGGCTAATGCCAGAGTTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACACAAAGGAGCAGATCTTAGAACTGCTGGTACTGGAGCAGTTCCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACACAAAGGAGCAGATCTTAGAACTGCTGGTACTGGAGCAGTTCCTGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTCTGCCTGAGGAGCTGCAGATCTGGGTTCAGCAACATAATCCAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATTCTGCCTGAGGAGCTGCAGATCTGGGTTCAGCAACATAATCCAGAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGCGAGGAAGCTGTGACCCTGTTGGAGGATTTAGAGAGGGAGTTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGCGAGGAAGCTGTGACCCTGTTGGAGGATTTAGAGAGGGAGTTTGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCCAGGGCAGCAG         GTCCCAGCTAGTCCACAGGGACCAGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCCAGGGCAGCAGGTG...CAGGTCCCAGCTAGTCCACAGGGACCAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTGCCATGGAAGGATTTAACATGTCTCAGAGCATCCCAAGAGTCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100709 GTGCCATGGAAGGATTTAACATGTCTCAGAGCATCCCAAGAGTCAACAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATCCACCTCCAGCCCTTAAAGACACAGCTGAAATCCTGGAAACCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100759 CATCCACCTCCAGCCCTTAAAGACACAGCTGAAATCCTGGAAACCATGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTTCCCCTAAAAGTG         ATTGTGAGAACAGTGAAACAGCAACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100809 TTTCCCCTAAAAGTGGTG...CAGATTGTGAGAACAGTGAAACAGCAACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAAGAGGGCATCTCAGAAGAAAAATCACAGGGACTCCCTCAGGAACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102818 AAAGAGGGCATCTCAGAAGAAAAATCACAGGGACTCCCTCAGGAACCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ATTTCGAGGAATTA         AGTTGTCCAGACCTCCCAAAGCTTCTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102868 ATTTCGAGGAATTAGTG...TAGAGTTGTCCAGACCTCCCAAAGCTTCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAGCTATCCGTTGGGAATGTGTTTCTCCAGGAAGTTTTCCCGGCGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111789 CAGCTATCCGTTGGGAATGTGTTTCTCCAGGAAGTTTTCCCGGCGATATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATAGCTGCTGAGGCTACACATTCAACAATTTCTTGCTTTGCCATCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111839 ATAGCTGCTGAGGCTACACATTCAACAATTTCTTGCTTTGCCATCAACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TTTGCCAGCCACCATCCTGCCATCTAAAAATGTGAATAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111889 TTTGCCAGCCACCATCCTGCCATCTAAAAATGTGAATAGAAAGT