seq1 = pF1KE5306.tfa, 936 bp
seq2 = pF1KE5306/gi568815582r_685953.tfa (gi568815582r:685953_887737), 201785 bp

>pF1KE5306 936
>gi568815582r:685953_887737 (Chr16)

(complement)

1-182  (100001-100182)   100% ->
183-306  (100261-100384)   100% ->
307-409  (100559-100661)   100% ->
410-511  (100810-100911)   100% ->
512-936  (101361-101785)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCAGGCAGCGTGGAGAACCTGTCCATCGTGTACCGGAGCCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCAGGCAGCGTGGAGAACCTGTCCATCGTGTACCGGAGCCGCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCTGGTGGTCAACAAGCACTGGGACGTTCGCATTGACAGCAAGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCCTGGTGGTCAACAAGCACTGGGACGTTCGCATTGACAGCAAGGCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGGGAGACTCTGACCCTGCAGAAGCAGCTGCGGTACCGCTTTCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCGGGAGACTCTGACCCTGCAGAAGCAGCTGCGGTACCGCTTTCCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGCCGACCCTGACACCTGCTACGGGTTCAG         GTTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100151 CTGGCCGACCCTGACACCTGCTACGGGTTCAGGTA...CAGGTTCTGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGCTGGATTTCTCCACCAGCGGGGCGCTGTGCGTGGCCCTAAACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100270 CCAGCTGGATTTCTCCACCAGCGGGGCGCTGTGCGTGGCCCTAAACAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGCCGCCGGCAGCGCGTACAGGTGCTTCAAGGAGCGGCGCGTGACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100320 CAGCCGCCGGCAGCGCGTACAGGTGCTTCAAGGAGCGGCGCGTGACCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTTACCTGGCATTG         CTGCGGGGGCACATCCAGGAGAGCCG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100370 GCTTACCTGGCATTGGTA...CAGCTGCGGGGGCACATCCAGGAGAGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTAACCATCAGCCATGCCATTGGCAGGAACAGCACGGAGGGCCGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100585 GGTAACCATCAGCCATGCCATTGGCAGGAACAGCACGGAGGGCCGGGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACACCATGTGCATCGAGGGCTCGCAGG         GTTGTGAGAACCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100635 ACACCATGTGCATCGAGGGCTCGCAGGGTG...CAGGTTGTGAGAACCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGCCAAGCCTCACAGATCTCGTGGTTCTGGAACACGGGCTGTACGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100824 AAGCCAAGCCTCACAGATCTCGTGGTTCTGGAACACGGGCTGTACGCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGATCCTGTCTCCAAAGTGCTGCTGAAGCCGCTCACGG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100874 CGATCCTGTCTCCAAAGTGCTGCTGAAGCCGCTCACGGGTG...CAGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGACACACCAGCTGCGCGTGCACTGCAGTGCCCTGGGCCACCCCGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101364 GGACACACCAGCTGCGCGTGCACTGCAGTGCCCTGGGCCACCCCGTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCGACCTGACCTACGGAGAAGTCTCGGGCCGGGAGGACCGGCCGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101414 GGCGACCTGACCTACGGAGAAGTCTCGGGCCGGGAGGACCGGCCGTTCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AATGATGCTGCACGCTTTCTACCTGCGCATCCCCACGGACACCGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101464 AATGATGCTGCACGCTTTCTACCTGCGCATCCCCACGGACACCGAGTGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGAGGTCTGCACGCCTGACCCCTTCCTGCCCTCCCTGGATGCCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101514 TGGAGGTCTGCACGCCTGACCCCTTCCTGCCCTCCCTGGATGCCTGCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGCCCCCACACACTGCTGCAGTCGCTGGACCAGCTCGTGCAGGCCTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101564 AGCCCCCACACACTGCTGCAGTCGCTGGACCAGCTCGTGCAGGCCTTACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGCCACCCCCGACCCTGACCCCGAGGATAGGGGCCCCAGGCCAGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101614 GGCCACCCCCGACCCTGACCCCGAGGATAGGGGCCCCAGGCCAGGCAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCTCCGCACTCCTGCCTGGGCCCGGCCGGCCTCCTCCACCCCCAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101664 CCTCCGCACTCCTGCCTGGGCCCGGCCGGCCTCCTCCACCCCCAACCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCCCCTGAGACTGAGGCACAGCGGGGCCCCTGCCTGCAGTGGCTGTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101714 CCCCCTGAGACTGAGGCACAGCGGGGCCCCTGCCTGCAGTGGCTGTCGGA

    950     .    :    .    :
    915 GTGGACGCTGGAACCGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||
 101764 GTGGACGCTGGAACCGGACAGC