seq1 = pF1KE5296.tfa, 522 bp
seq2 = pF1KE5296/gi568815596f_1314409.tfa (gi568815596f:1314409_1538855), 224447 bp

>pF1KE5296 522
>gi568815596f:1314409_1538855 (Chr2)

1-94  (100001-100094)   100% ->
95-179  (108637-108721)   100% ->
180-349  (119030-119199)   99% ->
350-482  (121844-121976)   100% ->
483-522  (124408-124447)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAGCGCTCGCTGTGCTGTCTGTCACGCTGGTTATGGCCTGCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAGCGCTCGCTGTGCTGTCTGTCACGCTGGTTATGGCCTGCACAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCTTCTTCCCCTTCATCTCGAGAGGGAAAGAACTCCTTTGGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 AGCCTTCTTCCCCTTCATCTCGAGAGGGAAAGAACTCCTTTGGGGTA...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95    GAAAGCCTGAGGAGTCTCGTGTCTCTAGCGTCTTGGAGGAAAGCAAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108634 TAGGAAAGCCTGAGGAGTCTCGTGTCTCTAGCGTCTTGGAGGAAAGCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCCTGGTGGACACCGCCATGTACGCCACGATGCAGAG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 108684 CGCCTGGTGGACACCGCCATGTACGCCACGATGCAGAGGTG...TAGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTCAAGAAAAGAGGAATCCTTTCTGCAGCTCAGCTTCTGTCTTTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 119033 CCTCAAGAAAAGAGGAATCCTTTCTCCAGCTCAGCTTCTGTCTTTTTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACTTCCTGAGCCAACAAGCGGAGTGATTGCCCGAGCAGCAGAGATAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119083 AACTTCCTGAGCCAACAAGCGGAGTGATTGCCCGAGCAGCAGAGATAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAACATCAATACAAGCGATGAAAAGAAAAGTCAACCTGAAAACTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119133 GAAACATCAATACAAGCGATGAAAAGAAAAGTCAACCTGAAAACTCAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATCACAGCATCCAACGG         ATGCTTTATCAGAAGATCTGCTGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 119183 ATCACAGCATCCAACGGGTA...CAGATGCTTTATCAGAAGATCTGCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCATCATTGCAAACATGTCTGGATGTCTCCCTTACATGCTGCCCCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121868 GCATCATTGCAAACATGTCTGGATGTCTCCCTTACATGCTGCCCCCAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCCCAAACACTTGCCTGGCGAACAAATACAGGCCCATCACAGGAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121918 TGCCCAAACACTTGCCTGGCGAACAAATACAGGCCCATCACAGGAGCTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAACAACAG         AAAAATGAAATATAAGCCCGACCATTCCGAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 121968 CAACAACAGGTA...AAGAAAAATGAAATATAAGCCCGACCATTCCGAAA

    550     .
    515 CTGCCAAC
        ||||||||
 124440 CTGCCAAC