seq1 = pF1KE5287.tfa, 678 bp
seq2 = pF1KE5287/gi568815594r_69857272.tfa (gi568815594r:69857272_70060995), 203724 bp

>pF1KE5287 678
>gi568815594r:69857272_70060995 (Chr4)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-78  (100917-100943)   100% ->
79-99  (101927-101947)   100% ->
100-144  (102043-102087)   100% ->
145-678  (103192-103724)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGTCCTCATCCTCGCCTGCCTGGTGGCTCTTGCTCTTGCAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGTCCTCATCCTCGCCTGCCTGGTGGCTCTTGCTCTTGCAAGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         ACCATAGAAAGCCTTTCAAGCAGTGAG         GAAT
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GGTA...CAGACCATAGAAAGCCTTTCAAGCAGTGAGGTA...TAGGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 CTATTACAGAATACAAG         CAGAAAGTTGAGAAGGTTAAACAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101931 CTATTACAGAATACAAGGTA...TAGCAGAAAGTTGAGAAGGTTAAACAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    124 GAGGACCAGCAGCAAGGAGAG         GATGAACACCAGGATAAAAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102067 GAGGACCAGCAGCAAGGAGAGGTA...CAGGATGAACACCAGGATAAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    165 CTACCCCTCTTTCCAGCCACAGCCTCTGATCTATCCATTCGTTGAACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103212 CTACCCCTCTTTCCAGCCACAGCCTCTGATCTATCCATTCGTTGAACCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 TCCCCTATGGTTTTCTTCCACAAAACATTCTGCCTCTTGCTCAGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103262 TCCCCTATGGTTTTCTTCCACAAAACATTCTGCCTCTTGCTCAGCCTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GTGGTGCTGCCTGTCCCTCAGCCTGAAATAATGGAAGTCCCTAAAGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103312 GTGGTGCTGCCTGTCCCTCAGCCTGAAATAATGGAAGTCCCTAAAGCTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGACACTGTCTACACTAAGGGCAGAGTGATGCCTGTCCTTAAATCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103362 AGACACTGTCTACACTAAGGGCAGAGTGATGCCTGTCCTTAAATCTCCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CGATACCCTTTTTTGACCCTCAAATCCCAAAACTCACTGATCTTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103412 CGATACCCTTTTTTGACCCTCAAATCCCAAAACTCACTGATCTTGAAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGCATCTTCCTCTGCCTCTGCTCCAGCCCTTGATGCAGCAGGTCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103462 CTGCATCTTCCTCTGCCTCTGCTCCAGCCCTTGATGCAGCAGGTCCCTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCCTATTCCTCAGACTCTTGCACTTCCCCCTCAGCCCCTGTGGTCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103512 GCCTATTCCTCAGACTCTTGCACTTCCCCCTCAGCCCCTGTGGTCTGTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCAGCCCAAAGTCCTGCCTATCCCCCAGCAAGTGGTGCCCTACCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103562 CTCAGCCCAAAGTCCTGCCTATCCCCCAGCAAGTGGTGCCCTACCCTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGAGCTGTGCCTGTTCAAGCCCTTCTGCTCAACCAAGAACTTCTACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103612 AGAGCTGTGCCTGTTCAAGCCCTTCTGCTCAACCAAGAACTTCTACTTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCCACCCACCAGATCTACCCTGTGACTCAGCCACTTGCCCCAGTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103662 CCCCACCCACCAGATCTACCCTGTGACTCAGCCACTTGCCCCAGTTCATA

    700     .    :
    665 ACCCCATTAGTGTC
        |||||||||||||-
 103712 ACCCCATTAGTGT