seq1 = pF1KE5286.tfa, 696 bp
seq2 = pF1KE5286/gi568815581f_7252943.tfa (gi568815581f:7252943_7453638), 200696 bp

>pF1KE5286 696
>gi568815581f:7252943_7453638 (Chr17)

1-696  (100001-100696)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGGGCCATGTTTAGGGCCGGCACCCCCATGCCCCCCAACCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGGGGCCATGTTTAGGGCCGGCACCCCCATGCCCCCCAACCTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCCAAGGAGGCGGCCACTACTTCATCGACCGGGATGGCAAGGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCCAAGGAGGCGGCCACTACTTCATCGACCGGGATGGCAAGGCCTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCACATCCTCAATTTCCTGAGGCTGGGCCGCCTGGACCTGCCCCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCACATCCTCAATTTCCTGAGGCTGGGCCGCCTGGACCTGCCCCGTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACGGAGAGACAGCGCTGCTCAGGGCAGAGGCTGACTTCTACCAGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACGGAGAGACAGCGCTGCTCAGGGCAGAGGCTGACTTCTACCAGATCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCCTCCTGGACGCGCTGCGGGAACTGGAGGCCTCTCAGGGGACCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCCCTCCTGGACGCGCTGCGGGAACTGGAGGCCTCTCAGGGGACCCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CACCCACAGCTGCCCTGCTCCACGCAGATGTAGATGTCAGCCCCCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CACCCACAGCTGCCCTGCTCCACGCAGATGTAGATGTCAGCCCCCGCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCACTTCTCTGCTCGCCGGGGACCCCATCACTATGAGCTGAGCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGCACTTCTCTGCTCGCCGGGGACCCCATCACTATGAGCTGAGCTCCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCAGGTGGACACCTTCCGAGCCAACCTTTTCTGCACCGACTCTGAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCAGGTGGACACCTTCCGAGCCAACCTTTTCTGCACCGACTCTGAGTGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TAGGTGCTTTGCGGGCCCGATTTGGTGTGGCCAGTGGGGATAGGGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TAGGTGCTTTGCGGGCCCGATTTGGTGTGGCCAGTGGGGATAGGGCAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGAGCCCACATTTTCATCTGGAGTGGGCCCCCCGCCCCGTGGAACTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGAGCCCACATTTTCATCTGGAGTGGGCCCCCCGCCCCGTGGAACTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGAGGTGGAGTATGGGAGACTGGGGCTGCAGCCGCTGTGGACTGGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGAGGTGGAGTATGGGAGACTGGGGCTGCAGCCGCTGTGGACTGGGGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGGAGAGCGGCGGGAGGTGGTGGGCACCCCAAGCTTCCTGGAGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGGAGAGCGGCGGGAGGTGGTGGGCACCCCAAGCTTCCTGGAGGAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGCGGGTGGCTCTCGAGCACGGCTTCCGACTAGACTCTGTCTTCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGCGGGTGGCTCTCGAGCACGGCTTCCGACTAGACTCTGTCTTCCCCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    651 CCCCGAAGACCTGCTCAACTCCAGGTCTCTGCGCTTTGTCCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCCCGAAGACCTGCTCAACTCCAGGTCTCTGCGCTTTGTCCGGCAC