seq1 = pF1KE5282.tfa, 756 bp
seq2 = pF1KE5282/gi568815596f_68057935.tfa (gi568815596f:68057935_68274799), 216865 bp

>pF1KE5282 756
>gi568815596f:68057935_68274799 (Chr2)

1-207  (100001-100207)   100% ->
208-357  (100446-100595)   100% ->
358-441  (103749-103832)   100% ->
442-502  (104331-104391)   100% ->
503-620  (104612-104729)   100% ->
621-691  (115413-115483)   100% ->
692-756  (116801-116865)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAATCCGAAATGGAAACGCAGAGCGCCAGGGCAGAGGAGGGCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAATCCGAAATGGAAACGCAGAGCGCCAGGGCAGAGGAGGGCTTTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGGTCACCCGCAAGGGTGGCCGACGGGCGAAGAAACGACAGGCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGGTCACCCGCAAGGGTGGCCGACGGGCGAAGAAACGACAGGCTGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTGTCCGCAGCAGGAGAGGGCGGGGATGCGGGCCGCATGGACACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTGTCCGCAGCAGGAGAGGGCGGGGATGCGGGCCGCATGGACACAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGCCAGGCCGGCGAAGAGGCCCGTCTTCCCACCCCTCTGTGGGGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGCCAGGCCGGCGAAGAGGCCCGTCTTCCCACCCCTCTGTGGGGACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTCCTG         AGTGGGAAAGAAGAAACAAGGAAAATTCCAGTCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTCCTGGTA...CAGAGTGGGAAAGAAGAAACAAGGAAAATTCCAGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGCTAACAGATACACACCATTGAAAGAAAACTGGATGAAGATATTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100480 CAGCTAACAGATACACACCATTGAAAGAAAACTGGATGAAGATATTTACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTATTGTGGAACATTTGGGACTTCAGATACGCTTTAACTTGAAATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100530 CCTATTGTGGAACATTTGGGACTTCAGATACGCTTTAACTTGAAATCAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAATGTAGAAATCAGG         ACTTGTAAAGAAACCAAGGATGTTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100580 GAATGTAGAAATCAGGGTA...CAGACTTGTAAAGAAACCAAGGATGTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGCTCTGACAAAAGCAGCTGATTTTGTGAAAGCTTTTATTCTCGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103774 GTGCTCTGACAAAAGCAGCTGATTTTGTGAAAGCTTTTATTCTCGGCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGTGGAG         GATGCACTTGCCCTCATCAGGTTGGATGACCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103824 CAGGTGGAGGTG...TAGGATGCACTTGCCCTCATCAGGTTGGATGACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCCTAGAGTCTTTTGAAATTACAGATG         TTAAACCCCTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104363 CTTCCTAGAGTCTTTTGAAATTACAGATGGTG...TAGTTAAACCCCTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGGAGACCATCTATCCAGGGCAATAGGAAGAATCGCTGGCAAAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104624 AGGGAGACCATCTATCCAGGGCAATAGGAAGAATCGCTGGCAAAGGAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAACCAAATTCACCATAGAGAATGTGACACGGACAAGGATAGTTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104674 AAAACCAAATTCACCATAGAGAATGTGACACGGACAAGGATAGTTTTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGATGT         GAAAGTTCACATCCTTGGCTCCTTCCAAAATATCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104724 TGATGTGTA...CAGGAAAGTTCACATCCTTGGCTCCTTCCAAAATATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGATGGCAAGAACTGCCATTTGCAACCTAATCTTGG         GAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 115448 AGATGGCAAGAACTGCCATTTGCAACCTAATCTTGGGTA...CAGGAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCTCCTTCCAAGGTTTATGGCAATATTCGAGCTGTGGCTAGCAGATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116806 CCTCCTTCCAAGGTTTATGGCAATATTCGAGCTGTGGCTAGCAGATCAGC

    800     .    :
    747 AGATCGATTC
        ||||||||||
 116856 AGATCGATTC