seq1 = pF1KE5281.tfa, 753 bp
seq2 = pF1KE5281/gi568815589r_113273602.tfa (gi568815589r:113273602_113474354), 200753 bp

>pF1KE5281 753
>gi568815589r:113273602_113474354 (Chr9)

(complement)

1-753  (100001-100753)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACACCGGCTGCAGATACGACTGCTGACGTGGGATGTGAAGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACACCGGCTGCAGATACGACTGCTGACGTGGGATGTGAAGGACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTCAGGCTCCGCCACCCCTTAGGGGAGGCCTATGCCACCAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTCAGGCTCCGCCACCCCTTAGGGGAGGCCTATGCCACCAAGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCCCATGGGCTGGAGGTGGAGCCCTCAGCCCTGGAACAAGGCTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGCCCATGGGCTGGAGGTGGAGCCCTCAGCCCTGGAACAAGGCTTCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGCATACAGGGCTCAGAGCCACAGCTTCCCCAACTACGGCCTGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGCATACAGGGCTCAGAGCCACAGCTTCCCCAACTACGGCCTGAGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCCTAACCTCCCGCCAGTGGTGGCTGGATGTGGTCCTGCAGACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCCTAACCTCCCGCCAGTGGTGGCTGGATGTGGTCCTGCAGACCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTGGCGGGTGTCCAGGATGCTCAGGCTGTAGCCCCCATCGCTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCTGGCGGGTGTCCAGGATGCTCAGGCTGTAGCCCCCATCGCTGAACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTTTATAAAGACTTCAGCCACCCCTGCACCTGGCAGGTGTTGGATGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTTTATAAAGACTTCAGCCACCCCTGCACCTGGCAGGTGTTGGATGGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGAGGACACCCTGAGGGAGTGCCGCACACGGGGTCTGAGACTGGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGAGGACACCCTGAGGGAGTGCCGCACACGGGGTCTGAGACTGGCAGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTCCAACTTTGACCGACGGCTAGAGGGCATCCTGGGGGGCCTTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCTCCAACTTTGACCGACGGCTAGAGGGCATCCTGGGGGGCCTTGGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGTGAACACTTCGACTTTGTGCTGACCTCCGAGGCTGCTGGCTGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGTGAACACTTCGACTTTGTGCTGACCTCCGAGGCTGCTGGCTGGCCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCCGGACCCCCGCATTTTCCAGGAGGCCTTGCGGCTTGCTCATATGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCCGGACCCCCGCATTTTCCAGGAGGCCTTGCGGCTTGCTCATATGGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGTAGTGGCAGCCCATGTTGGGGATAATTACCTCTGCGATTACCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGTAGTGGCAGCCCATGTTGGGGATAATTACCTCTGCGATTACCAGGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCTCGGGCTGTGGGCATGCACAGCTTCCTGGTGGTTGGCCCACAGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCTCGGGCTGTGGGCATGCACAGCTTCCTGGTGGTTGGCCCACAGGCACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGACCCCGTGGTCAGGGATTCTGTACCTAAAGAACACATCCTCCCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGACCCCGTGGTCAGGGATTCTGTACCTAAAGAACACATCCTCCCCTCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGGCCCATCTCCTGCCTGCCCTTGACTGCCTAGAGGGCTCAACTCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGGCCCATCTCCTGCCTGCCCTTGACTGCCTAGAGGGCTCAACTCCAGGG

    750 
    751 CTT
        |||
 100751 CTT