seq1 = pF1KE5278.tfa, 705 bp
seq2 = pF1KE5278/gi568815578r_31761406.tfa (gi568815578r:31761406_31967154), 205749 bp

>pF1KE5278 705
>gi568815578r:31761406_31967154 (Chr20)

(complement)

1-21  (96818-96838)   100% ->
22-55  (97558-97591)   100% ->
56-138  (100002-100084)   100% ->
139-188  (102153-102202)   100% ->
189-263  (103174-103248)   100% ->
264-435  (104413-104584)   100% ->
436-705  (105480-105749)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAATGGCATGACCAAG         GTACTTCCTGGACTCTACCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  96818 ATGGGCAATGGCATGACCAAGGTA...TAGGTACTTCCTGGACTCTACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGGAAACTTCATTG         ATGCCAAAGACCTGGATCAGCTGGGCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
  97578 CGGAAACTTCATTGGTG...CAGATGCCAAAGACCTGGATCAGCTGGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 GAAATAAGATCACACACATCATCTCTATCCATGAGTCACCCCAGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100029 GAAATAAGATCACACACATCATCTCTATCCATGAGTCACCCCAGCCTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTGCAG         GATATCACCTACCTTCGCATCCCGGTCGCTGATAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100079 CTGCAGGTA...CAGGATATCACCTACCTTCGCATCCCGGTCGCTGATAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CCCTGAGGTACCCAT         CAAAAAGCACTTCAAAGAATGTATCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102188 CCCTGAGGTACCCATGTA...TAGCAAAAAGCACTTCAAAGAATGTATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 ACTTCATCCACTGCTGCCGCCTTAATGGGGGGAACTGCCTTGTGCACTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103200 ACTTCATCCACTGCTGCCGCCTTAATGGGGGGAACTGCCTTGTGCACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    264         CTTTGCAGGCATCTCTCGCAGCACCACGATTGTGACAGCGTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103250 TG...CAGCTTTGCAGGCATCTCTCGCAGCACCACGATTGTGACAGCGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 TGTGATGACTGTGACGGGGCTAGGCTGGCGGGACGTGCTTGAAGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104455 TGTGATGACTGTGACGGGGCTAGGCTGGCGGGACGTGCTTGAAGCCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 AGGCCACCAGGCCCATCGCCAACCCCAACCCAGGCTTTAGGCAGCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104505 AGGCCACCAGGCCCATCGCCAACCCCAACCCAGGCTTTAGGCAGCAGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAAGAGTTTGGCTGGGCCAGTTCCCAGAAG         CTTCGCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104555 GAAGAGTTTGGCTGGGCCAGTTCCCAGAAGGTA...CAGCTTCGCCGGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 GCTGGAGGAGCGCTTCGGCGAGAGCCCCTTCCGCGACGAGGAGGAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105491 GCTGGAGGAGCGCTTCGGCGAGAGCCCCTTCCGCGACGAGGAGGAGTTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GCGCGCTGCTGCCGCTGTGCAAGCGCTGCCGGCAGGGCTCCGCGACCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105541 GCGCGCTGCTGCCGCTGTGCAAGCGCTGCCGGCAGGGCTCCGCGACCTCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCCTCCTCCGCCGGGCCGCACTCAGCAGCCTCCGAGGGAACCCTGCAGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 105591 GCCTCCTCCGCCGGGCCGCACTCAGCAGCCTCCGAGGGAACCGTGCAGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCTGGTGCCGCGCACGCCCCGGGAAGCCCACCGGCCGCTGCCGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105641 CCTGGTGCCGCGCACGCCCCGGGAAGCCCACCGGCCGCTGCCGCTGCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CGCGCGTCAAGCAGACTTTCTCTTGCCTCCCCCGGTGTCTGTCCCGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105691 CGCGCGTCAAGCAGACTTTCTCTTGCCTCCCCCGGTGTCTGTCCCGCAAG

    750     .
    697 GGCGGCAAG
        |||||||||
 105741 GGCGGCAAG