seq1 = pF1KE5273.tfa, 534 bp
seq2 = pF1KE5273/gi568815595r_186438699.tfa (gi568815595r:186438699_186639599), 200901 bp

>pF1KE5273 534
>gi568815595r:186438699_186639599 (Chr3)

(complement)

1-21  (95274-95294)   100% ->
22-264  (100003-100245)   100% ->
265-534  (100632-100901)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTAAAACTGGAACCAAG         ATTACTTTCTATGAAGACAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  95274 ATGTCTAAAACTGGAACCAAGGTA...CAGATTACTTTCTATGAAGACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAATTTTCAAGGCCGTCGCTATGACTGTGATTGCGACTGTGCAGATTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100023 AAATTTTCAAGGCCGTCGCTATGACTGTGATTGCGACTGTGCAGATTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACACATACCTAAGTCGCTGCAACTCCATTAAAGTGGAAGGAGGCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100073 ACACATACCTAAGTCGCTGCAACTCCATTAAAGTGGAAGGAGGCACCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGTTTATGAAAGGCCCAACTTTGCTGGGTACATGTACATCTTACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100123 GCTGTTTATGAAAGGCCCAACTTTGCTGGGTACATGTACATCTTACCACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGAGAGTACCCTGAATACCAGCGTTGGATGGGCCTCAACGACCGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100173 GGGAGAGTACCCTGAATACCAGCGTTGGATGGGCCTCAACGACCGCCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTCCTGCAGAGCTGTTCATCTG         CCTAGTGGAGGCCAGTAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100223 GCTCCTGCAGAGCTGTTCATCTGGTG...CAGCCTAGTGGAGGCCAGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGATTCAGATCTTTGAGAAAGGGGATTTTAGTGGTCAGATGTATGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100650 AAGATTCAGATCTTTGAGAAAGGGGATTTTAGTGGTCAGATGTATGAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACCGAAGATTGCCCTTCCATCATGGAGCAATTTCACATGCGAGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100700 CACCGAAGATTGCCCTTCCATCATGGAGCAATTTCACATGCGAGAGATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTCCTGTAAGGTGCTGGAGGGTGTCTGGATTTTCTATGAGCTACCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100750 ACTCCTGTAAGGTGCTGGAGGGTGTCTGGATTTTCTATGAGCTACCCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TACCGTGGCAGGCAGTACCTCCTGGACAAGAAGGAGTACCGGAAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100800 TACCGTGGCAGGCAGTACCTCCTGGACAAGAAGGAGTACCGGAAGCCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGATTGGGGTGCAGCCTCCCCAGCTGTCCAGTCTTTCCGCCGCATTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100850 CGATTGGGGTGCAGCCTCCCCAGCTGTCCAGTCTTTCCGCCGCATTGTGG

    550 
    533 AG
        ||
 100900 AG