seq1 = pF1KE5272.tfa, 531 bp
seq2 = pF1KE5272/gi568815597r_172941370.tfa (gi568815597r:172941370_173150896), 209527 bp

>pF1KE5272 531
>gi568815597r:172941370_173150896 (Chr1)

(complement)

1-156  (100001-100156)   100% ->
157-187  (106928-106958)   100% ->
188-531  (109184-109527)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTTTGAGCCACTTGGAAAATATGCCTTTAAGCCATTCAAGAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTTTGAGCCACTTGGAAAATATGCCTTTAAGCCATTCAAGAACTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGAGCTCAGAGATCATCCTGGAAGCTGTGGCTCTTTTGCTCAATAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGAGCTCAGAGATCATCCTGGAAGCTGTGGCTCTTTTGCTCAATAGTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTGCTATTTCTTTGCTCCTTCAGTTGGCTAATCTTTATTTTTCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTGCTATTTCTTTGCTCCTTCAGTTGGCTAATCTTTATTTTTCTCCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTAGAG         ACTGCTAAGGAGCCCTGTATGGCTAAGTTTG    
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100151 TTAGAGGTA...CAGACTGCTAAGGAGCCCTGTATGGCTAAGTTTGGTG.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      GACCATTACCCTCAAAATGGCAAATGGCATCTTCTGAACCTCCTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106963 ..TAGGACCATTACCCTCAAAATGGCAAATGGCATCTTCTGAACCTCCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCGTGAATAAGGTGTCTGACTGGAAGCTGGAGATACTTCAGAATGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109229 GCGTGAATAAGGTGTCTGACTGGAAGCTGGAGATACTTCAGAATGGCTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATTTAATTTATGGCCAAGTGGCTCCCAATGCAAACTACAATGATGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109279 TATTTAATTTATGGCCAAGTGGCTCCCAATGCAAACTACAATGATGTAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCTTTTGAGGTGCGGCTGTATAAAAACAAAGACATGATACAAACTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109329 TCCTTTTGAGGTGCGGCTGTATAAAAACAAAGACATGATACAAACTCTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAAACAAATCTAAAATCCAAAATGTAGGAGGGACTTATGAATTGCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109379 CAAACAAATCTAAAATCCAAAATGTAGGAGGGACTTATGAATTGCATGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGGACACCATAGACTTGATATTCAACTCTGAGCATCAGGTTCTAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109429 GGGGACACCATAGACTTGATATTCAACTCTGAGCATCAGGTTCTAAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    483 TAATACATACTGGGGTATCATTTTACTAGCAAATCCCCAATTCATCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109479 TAATACATACTGGGGTATCATTTTACTAGCAAATCCCCAATTCATCTCC