seq1 = pF1KE5271.tfa, 654 bp
seq2 = pF1KE5271/gi568815579f_38519269.tfa (gi568815579f:38519269_38735121), 215853 bp

>pF1KE5271 654
>gi568815579f:38519269_38735121 (Chr19)

1-59  (100001-100059)   100% ->
60-158  (101069-101167)   100% ->
159-279  (104809-104929)   100% ->
280-354  (106760-106834)   100% ->
355-421  (113162-113228)   100% ->
422-499  (113333-113410)   100% ->
500-625  (115725-115850)   100% ->
626-654  (117621-117649)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGATGTTTGAGCAGATGAGAGCCAACGTGGGCAAGTTGCTCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGATGTTTGAGCAGATGAGAGCCAACGTGGGCAAGTTGCTCAAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATCGACAG         GTACAATCCTGAGAACCTGGCCACCCTGGAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATCGACAGGTC...TAGGTACAATCCTGAGAACCTGGCCACCCTGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTATGTAGAGACGCAGGCCAAGGAAAATGCCTATGATCTGGAAGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GCTATGTAGAGACGCAGGCCAAGGAAAATGCCTATGATCTGGAAGCCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGCTGTCCTGAAGCT         GTACCAGTTCAACCCAGCCTTCTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101151 CTGGCTGTCCTGAAGCTGTA...TAGGTACCAGTTCAACCCAGCCTTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCAGACCACGGTCACCGCCCAGATCCTGCTGAAGGCCCTCACCAACTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104833 TCAGACCACGGTCACCGCCCAGATCCTGCTGAAGGCCCTCACCAACTTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGCACACAGACTTCACCCTGTGCAAGTGCATGATCGACCAGGCACAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104883 CGCACACAGACTTCACCCTGTGCAAGTGCATGATCGACCAGGCACATGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       CAAGAAGAACGGCCAATCCGACAGATTTTGTACCTCGGGGACCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104933 ...CAGCAAGAAGAACGGCCAATCCGACAGATTTTGTACCTCGGGGACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTGGAGACCTGCCATTTCCAGGCCTTCTGG         CAAGCCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 106804 GCTGGAGACCTGCCATTTCCAGGCCTTCTGGGTA...CAGCAAGCCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGAAAACATGGACCTCTTGGAAGGTATAACTGGCTTTGAAGACTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113172 ATGAAAACATGGACCTCTTGGAAGGTATAACTGGCTTTGAAGACTCTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGAAAGT         TTATCTGCCATGTTGTGGGTATCACTTACCAGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113222 CGAAAGTGTA...CAGTTATCTGCCATGTTGTGGGTATCACTTACCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CATTGACCGCTGGCTGCTGGCCGAGATGCTCGGGGATCTGTCGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113367 CATTGACCGCTGGCTGCTGGCCGAGATGCTCGGGGATCTGTCGGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500    ACAGCCAGCTAAAGGTGTGGATGAGCAAATACGGCTGGAGTGCCGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115722 CAGACAGCCAGCTAAAGGTGTGGATGAGCAAATACGGCTGGAGTGCCGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GAGTCGGGGCAGATCTTCATCTGTAGCCAAGAAGAGAGCATTAAACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115772 GAGTCGGGGCAGATCTTCATCTGTAGCCAAGAAGAGAGCATTAAACCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAACATTGTGGAGAAGATTGACTTTGACA         GTGTGTCCAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115822 GAACATTGTGGAGAAGATTGACTTTGACAGTG...CAGGTGTGTCCAGCA

    700     .    :    .
    638 TCATGGCCTCCTCCCAG
        |||||||||||||||||
 117633 TCATGGCCTCCTCCCAG