seq1 = pF1KE5267.tfa, 564 bp
seq2 = pF1KE5267/gi568815586f_50328979.tfa (gi568815586f:50328979_50540550), 211572 bp

>pF1KE5267 564
>gi568815586f:50328979_50540550 (Chr12)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-188  (101517-101592)   100% ->
189-325  (106510-106646)   100% ->
326-429  (108757-108860)   100% ->
430-540  (111461-111571)   100% ->
541-564  (112612-112637)   92%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATTCTTCATCTTGTGAAACCACAAGAAATACTACAGGCATTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTATTCTTCATCTTGTGAAACCACAAGAAATACTACAGGCATTGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCAACTGATGGGATGATTTTAGGACCAGAAGATCTGAGTTACCAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCAACTGATGGGATGATTTTAGGACCAGAAGATCTGAGTTACCAAATAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGATGTTTCCG         GAGAAAGCAATTCAGCAGTTTCTACAGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGATGTTTCCGGTA...CAGGAGAAAGCAATTCAGCAGTTTCTACAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACCTAAAAGAATGTCTGAAGAAACAATTAGAATTCTGTTTTTCACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101546 GACCTAAAAGAATGTCTGAAGAAACAATTAGAATTCTGTTTTTCACGGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    189       AGAAAATTTGTCAAAGGATCTTTACTTGATATCTCAAATGGATA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101596 ...CAGAGAAAATTTGTCAAAGGATCTTTACTTGATATCTCAAATGGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGATCAGTTCATCCCAATTTGGACAGTTGCCAACATGGAAGAAATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106554 GTGATCAGTTCATCCCAATTTGGACAGTTGCCAACATGGAAGAAATAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGTTGACTACAGACCCTGATCTAATTCTTGAAGTGTTAAGAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106604 AAGTTGACTACAGACCCTGATCTAATTCTTGAAGTGTTAAGATGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   CTTCTCCCATGGTACAAGTTGATGAGAAGGGTGAGAAAGTGAGACCAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108755 AGCTTCTCCCATGGTACAAGTTGATGAGAAGGGTGAGAAAGTGAGACCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTCATAAGCGTTGTATTGTAATTCTTAGAGAGATTCCTGAAACAACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108805 GTCATAAGCGTTGTATTGTAATTCTTAGAGAGATTCCTGAAACAACACCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATAGAG         GAAGTGAAAGGTTTGTTCAAAAGTGAAAACTGCCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108855 ATAGAGGTA...TAGGAAGTGAAAGGTTTGTTCAAAAGTGAAAACTGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAAGTGATAAGCTGTGAGTTTGCACACAATAGCAACTGGTATATCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111496 CAAAGTGATAAGCTGTGAGTTTGCACACAATAGCAACTGGTATATCACTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCAGTCAGACACAGATGCACAACAG         GCTTTT A TACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||-|-||||||
 111546 TCCAGTCAGACACAGATGCACAACAGGTA...CAGGCTTTTAAATACTTA

    600     .    :
    554 AGAGAAGAAGT
        |||||||||||
 112627 AGAGAAGAAGT