seq1 = pF1KE5258.tfa, 768 bp
seq2 = pF1KE5258/gi568815579r_50725799.tfa (gi568815579r:50725799_50931492), 205694 bp

>pF1KE5258 768
>gi568815579r:50725799_50931492 (Chr19)

(complement)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-197  (103678-103831)   99% ->
198-481  (104332-104615)   100% ->
482-618  (104736-104872)   100% ->
619-768  (105545-105694)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCTTCTCCTCACTCTCTCCTTCCTGCTGGCATCCACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGTGGCTTCTCCTCACTCTCTCCTTCCTGCTGGCATCCACAGGTG...T

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   CAGCCCAGGATGGTGACAAGTTGCTGGAAGGTGACGAGTGTGCACCCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103676 AGCAGCCCAGGATGGTGACAAGTTGCTGGAAGGTGACGAGTGTGCACCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTCCCAGCCATGGCAAGTGGCTCTCTACGAGCGTGGACGCTTTAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103726 ACTCCCAGCCATGGCAAGTGGCTCTCTACGAGCGTGGACGCTTTAACTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCGCTTCCCTCATCTCCCCACACTGGGTGCTGTCTGCGGCACACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 103776 GGCGCTTCCCTCATCTCCCCACACTGGGTGCTGTCTGCGGCCCACTGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGCCG         CTTCATGAGAGTGCGCCTGGGAGAGCACAACCTGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103826 AAGCCGGTA...CAGCTTCATGAGAGTGCGCCTGGGAGAGCACAACCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCAAGCGCGATGGCCCAGAGCAACTACGGACCACGTCTCGGGTCATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104367 GCAAGCGCGATGGCCCAGAGCAACTACGGACCACGTCTCGGGTCATTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACCCGCGCTACGAAGCGCGCAGCCACCGCAACGACATCATGTTGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104417 CACCCGCGCTACGAAGCGCGCAGCCACCGCAACGACATCATGTTGCTGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTAGTCCAGCCCGCACGCCTGAACCCCCAGGTGCGCCCCGCGGTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104467 CCTAGTCCAGCCCGCACGCCTGAACCCCCAGGTGCGCCCCGCGGTGCTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCACGCGTTGCCCCCACCCGGGGGAGGCCTGTGTGGTGTCTGGCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104517 CCACGCGTTGCCCCCACCCGGGGGAGGCCTGTGTGGTGTCTGGCTGGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGTGTCCCACAACGAGCCTGGGACCGCTGGGAGCCCCCGGTCACAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104567 CTGGTGTCCCACAACGAGCCTGGGACCGCTGGGAGCCCCCGGTCACAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482         TGAGTCTCCCAGATACGTTGCATTGTGCCAACATCAGCATTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104617 TG...CAGTGAGTCTCCCAGATACGTTGCATTGTGCCAACATCAGCATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTCGGACACATCTTGTGACAAGAGCTACCCAGGGCGCCTGACAAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104778 TCTCGGACACATCTTGTGACAAGAGCTACCCAGGGCGCCTGACAAACACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGGTGTGTGCAGGCGCGGAGGGCAGAGGCGCAGAATCCTGTGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104828 ATGGTGTGTGCAGGCGCGGAGGGCAGAGGCGCAGAATCCTGTGAGGTC..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    619     GGTGACTCTGGGGGACCCCTGGTCTGTGGGGGCATCCTGCAGGGCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104878 .CAGGGTGACTCTGGGGGACCCCTGGTCTGTGGGGGCATCCTGCAGGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTGTGTCCTGGGGTGACGTCCCTTGTGACAACACCACCAAGCCTGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105591 TTGTGTCCTGGGGTGACGTCCCTTGTGACAACACCACCAAGCCTGGTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TATACCAAAGTCTGCCACTACTTGGAGTGGATCAGGGAAACCATGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105641 TATACCAAAGTCTGCCACTACTTGGAGTGGATCAGGGAAACCATGAAGAG

    800 
    765 GAAC
        ||||
 105691 GAAC