seq1 = pF1KE5256.tfa, 723 bp
seq2 = pF1KE5256/gi568815590f_53781016.tfa (gi568815590f:53781016_54058455), 277440 bp

>pF1KE5256 723
>gi568815590f:53781016_54058455 (Chr8)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-218  (158561-158709)   100% ->
219-302  (165650-165733)   100% ->
303-537  (173061-173295)   100% ->
538-723  (177255-177440)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCACGGCGGACGGAGGCGAGCCGGCCGGGGCTTCCTCCCCGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCACGGCGGACGGAGGCGAGCCGGCCGGGGCTTCCTCCCCGGCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGGTGGACGGTGGGCTC         CAGATGGGATCAGAGCGGATGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGGTGGACGGTGGGCTCGTG...CAGCAGATGGGATCAGAGCGGATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGATGCGGAAGCGGCAGATGCCCGCCGCCCAGGACACACCAGGCGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158583 AGATGCGGAAGCGGCAGATGCCCGCCGCCCAGGACACACCAGGCGCCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGGCCAGCCCGGAGCGGGGAGTCGCGGGTCCAACGCATGCTGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158633 CCAGGCCAGCCCGGAGCGGGGAGTCGCGGGTCCAACGCATGCTGCTTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGGTGCTGCTGTTGTAGCTGCTCGTG         TCTCACTGTTAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 158683 CTGGTGCTGCTGTTGTAGCTGCTCGTGGTA...CAGTCTCACTGTTAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCAGGAAGATCAGAGGCCCACAATAGCTTCCCACGAACTCAGAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165664 ACCAGGAAGATCAGAGGCCCACAATAGCTTCCCACGAACTCAGAGCAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTCCAACCTGGGAAGAAAG         CCCTGCTCCTACTCTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 165714 CTTCCAACCTGGGAAGAAAGGTG...AAGCCCTGCTCCTACTCTGGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTCAACGCCTGGGCTCAGTCATTTGACAAATTAATGGTCACTCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173082 AGTCAACGCCTGGGCTCAGTCATTTGACAAATTAATGGTCACTCCAGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAAGGAATGCATTCCGTGAATTCCTCCGAACAGAATTCAGTGAGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173132 GAAGGAATGCATTCCGTGAATTCCTCCGAACAGAATTCAGTGAGGAAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGCTCTTCTGGATGGCCTGTGAGGAACTGAAAAAGGAAGCTAATAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173182 ATGCTCTTCTGGATGGCCTGTGAGGAACTGAAAAAGGAAGCTAATAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATTATTGAAGAGAAAGCAAGGATAATCTATGAAGACTACATTTCTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173232 CATTATTGAAGAGAAAGCAAGGATAATCTATGAAGACTACATTTCTATAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTTCTCCTAAGGAG         GTGAGCTTAGACTCCCGGGTGAGAGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 173282 TTTCTCCTAAGGAGGTA...CAGGTGAGCTTAGACTCCCGGGTGAGAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGATCAACAGAAACATGGTGGAGCCATCCCAACACATATTCGATGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177282 GTGATCAACAGAAACATGGTGGAGCCATCCCAACACATATTCGATGATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCAACTTCAGATTTACACCCTGATGCACAGAGACTCATATCCTCGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177332 TCAACTTCAGATTTACACCCTGATGCACAGAGACTCATATCCTCGATTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGAACTCTGCTGTCTATAAGGACTTGCTTCAGTCCTTATCGGAGAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177382 TGAACTCTGCTGTCTATAAGGACTTGCTTCAGTCCTTATCGGAGAAATCT

    750     .
    715 ATTGAAGCA
        |||||||||
 177432 ATTGAAGCA