seq1 = pF1KE5252.tfa, 543 bp
seq2 = pF1KE5252/gi568815575f_120505407.tfa (gi568815575f:120505407_120712261), 206855 bp

>pF1KE5252 543
>gi568815575f:120505407_120712261 (ChrX)

12-164  (100001-100153)   100% ->
165-262  (100673-100770)   100% ->
263-396  (102819-102952)   100% ->
397-464  (105605-105672)   100% ->
465-543  (106777-106855)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     12 ATTTGATGAAAAAGAAAATGTGTCCAACTGCATCCAGTTGAAAACTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATTTGATGAAAAAGAAAATGTGTCCAACTGCATCCAGTTGAAAACTTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     62 TTATTAAGGGTATTAAGAATCAATTGATAGAGCAATTTCCAGGTATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTATTAAGGGTATTAAGAATCAATTGATAGAGCAATTTCCAGGTATTGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    112 CCATGGCTTAATCAAATCATGCCTAAGAAAGATCCTGTCAAAATAGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATGGCTTAATCAAATCATGCCTAAGAAAGATCCTGTCAAAATAGTCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    162 ATG         CCATGAACATATAGAAATCCTTACAGTAAATGGAGAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGGTA...CAGCCATGAACATATAGAAATCCTTACAGTAAATGGAGAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    203 TACTCTTTTTTAGACAAAGAGAAGGGCCTTTTTATCCAACCCTAAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100711 TACTCTTTTTTAGACAAAGAGAAGGGCCTTTTTATCCAACCCTAAGATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    253 CTTCACAAAT         ATCCTTTTATCCTGCCACACCAGCAGGTTGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100761 CTTCACAAATGTA...CAGATCCTTTTATCCTGCCACACCAGCAGGTTGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    294 TAAAGGAGCCATCAAATTTGTACTCAGTGGAGCAAATATCATGTGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102850 TAAAGGAGCCATCAAATTTGTACTCAGTGGAGCAAATATCATGTGTCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    344 GCTTAACTTCTCCTGGAGCTAAGCTTTACCCTGCTGCAGTAGATACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102900 GCTTAACTTCTCCTGGAGCTAAGCTTTACCCTGCTGCAGTAGATACCATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    394 GTT         GCTATCATGGCAGAAGGAAAACAGCATGCTCTATGTGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102950 GTTGTA...CAGGCTATCATGGCAGAAGGAAAACAGCATGCTCTATGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    435 TGGAGTCATGAAGATGTCTGCAGAAGACAT         TGAGAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105643 TGGAGTCATGAAGATGTCTGCAGAAGACATGTA...CAGTGAGAAAGTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    476 ACAAAGGAATTGGCATTGAAAATATCCATTATTTAAATGATGGGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106788 ACAAAGGAATTGGCATTGAAAATATCCATTATTTAAATGATGGGCTGTGG

    550     .    :    .
    526 CATATGAAGACATATAAA
        ||||||||||||||||||
 106838 CATATGAAGACATATAAA