seq1 = pF1KE5249.tfa, 546 bp
seq2 = pF1KE5249/gi568815582r_57156916.tfa (gi568815582r:57156916_57384540), 227625 bp

>pF1KE5249 546
>gi568815582r:57156916_57384540 (Chr16)

(complement)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-309  (122471-122644)   100% ->
310-432  (125957-126079)   100% ->
433-546  (127512-127625)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGAGTTCCCGTCGAAAGTTAGCACGCGGACCAGCAGTCCTGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGAGTTCCCGTCGAAAGTTAGCACGCGGACCAGCAGTCCTGCGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCGCCGAAGCCTCGGTGTCGGCGCTGCGCCCGGACCTGGGCTTCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCGCCGAAGCCTCGGTGTCGGCGCTGCGCCCGGACCTGGGCTTCGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCCCGCCTCGGGGCGCTCATGCTGCTGCAGCTG         GTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 GCTCCCGCCTCGGGGCGCTCATGCTGCTGCAGCTGGTG...TAGGTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGCTGCTGGTGTGGGCGCTGATTGCGGACACCCCGTACCACCTGTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122477 GGGCTGCTGGTGTGGGCGCTGATTGCGGACACCCCGTACCACCTGTATCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCTATGGCTGGGTGATGTTCGTCGCTGTCTTCCTCTGGCTGGTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122527 GGCCTATGGCTGGGTGATGTTCGTCGCTGTCTTCCTCTGGCTGGTGACAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCGTCCTCTTCAACCTCTACCTGTTTCAGCTGCACATGAAGTTGTACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122577 TCGTCCTCTTCAACCTCTACCTGTTTCAGCTGCACATGAAGTTGTACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTTCCCTGGCCACTGGTG         TTAATGATCTTTAACATCAGCGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 122627 GTTCCCTGGCCACTGGTGGTG...CAGTTAATGATCTTTAACATCAGCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACCGTTCTCTACATCACCGCCTTCATCGCCTGCTCTGCGGCAGTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125980 CACCGTTCTCTACATCACCGCCTTCATCGCCTGCTCTGCGGCAGTTGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGACATCCCTGAGGGGCACCCGGCCTTATAACCAGCGCGCGGCTGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126030 TGACATCCCTGAGGGGCACCCGGCCTTATAACCAGCGCGCGGCTGCCTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433          TTCTTTGCGTGTTTGGTGATGATCGCCTATGGAGTGAGTGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126080 GTG...CAGTTCTTTGCGTGTTTGGTGATGATCGCCTATGGAGTGAGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTCTTCAGCTACCAGGCCTGGCGAGGAGTAGGCAGCAATGCGGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127553 CTTCTTCAGCTACCAGGCCTGGCGAGGAGTAGGCAGCAATGCGGCCACCA

    550     .    :    .    :
    524 GTCAGATGGCTGGCGGCTATGCC
        |||||||||||||||||||||||
 127603 GTCAGATGGCTGGCGGCTATGCC