seq1 = pF1KE5248.tfa, 612 bp
seq2 = pF1KE5248/gi568815595r_63734135.tfa (gi568815595r:63734135_63939774), 205640 bp

>pF1KE5248 612
>gi568815595r:63734135_63939774 (Chr3)

(complement)

1-19  (75985-76003)   100% ->
20-137  (100002-100119)   100% ->
138-265  (101276-101403)   100% ->
266-352  (101713-101799)   100% ->
353-410  (103417-103474)   100% ->
411-477  (104385-104451)   100% ->
478-547  (104552-104621)   100% ->
548-612  (105576-105640)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGCCGTGACTGACG         ACGAAGTTATACGGAAGCGTCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  75985 ATGGGAGCCGTGACTGACGGTG...CAGACGAAGTTATACGGAAGCGTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCTCATTGATGGAGATGGTGCTGGAGATGATCGGAGAATTAATCTGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 CCTCATTGATGGAGATGGTGCTGGAGATGATCGGAGAATTAATCTGCTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAAGAGTTTCATTAAATGGTGCAACTCTGGGTCCCAGGAAGAGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100074 TGAAGAGTTTCATTAAATGGTGCAACTCTGGGTCCCAGGAAGAGGGGTA.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    138      ATATAGCCAGTACCAACGTATGCTGAGCACGCTGTCTCAATGTGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100124 ..TAGATATAGCCAGTACCAACGTATGCTGAGCACGCTGTCTCAATGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATTTTCAATGGGCAAAACTTTACTAGTATATGATATGAATCTCAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101321 ATTTTCAATGGGCAAAACTTTACTAGTATATGATATGAATCTCAGAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGAAAATTATGAAAAAATTTACAAGGAAATAG         AATGTAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101371 TGGAAAATTATGAAAAAATTTACAAGGAAATAGGTA...TAGAATGTAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATAGCTGGAGCACATGAAAAAATTGCTGAGTGCAAAAAGCAAATTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101721 ATAGCTGGAGCACATGAAAAAATTGCTGAGTGCAAAAAGCAAATTCTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCAAAACGAATACGAAAAAATCGCCAAG         AATATGATGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101771 AGCAAAACGAATACGAAAAAATCGCCAAGGTA...CAGAATATGATGCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGCAAAAGTGATTCAGCACCATCCAGACAGGCATGAGACATTAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103429 TGGCAAAAGTGATTCAGCACCATCCAGACAGGCATGAGACATTAAAGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    411      GGAACTAGAGGCTCTGGGAAAAGAATTAGAGCATCTTTCACACAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103479 ..CAGGGAACTAGAGGCTCTGGGAAAAGAATTAGAGCATCTTTCACACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TAAAGAAAGTGTTGAAGATAAG         CTGGAATTGAGACGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104430 TAAAGAAAGTGTTGAAGATAAGGTA...CAGCTGGAATTGAGACGGAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGTTTCATGTTCTTCTTAGTACCATCCATGAACTTCAGCAAACATTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104571 AGTTTCATGTTCTTCTTAGTACCATCCATGAACTTCAGCAAACATTGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 A         ATGATGAAAAACTCTCAGAGGTAGAAGAAGCTCAGGAAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104621 AGTA...CAGATGATGAAAAACTCTCAGAGGTAGAAGAAGCTCAGGAAGC

    650     .    :    .    :    .
    588 AAGCATGGAAACAGATCCTAAGCCA
        |||||||||||||||||||||||||
 105616 AAGCATGGAAACAGATCCTAAGCCA