seq1 = pF1KE5247.tfa, 666 bp
seq2 = pF1KE5247/gi568815592r_52650580.tfa (gi568815592r:52650580_52899267), 248688 bp

>pF1KE5247 666
>gi568815592r:52650580_52899267 (Chr6)

(complement)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-139  (101631-101682)   100% ->
140-272  (102954-103086)   100% ->
273-414  (105002-105143)   100% ->
415-546  (106281-106412)   100% ->
547-666  (107288-107407)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGAAGCCCAAGCTCCACTACTTCAATGCACGGGGCAGAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGAAGCCCAAGCTCCACTACTTCAATGCACGGGGCAGAATGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCACCCGGTGGCTCCTGGCTGCAGCTGGAGTAGAG         TTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GTCCACCCGGTGGCTCCTGGCTGCAGCTGGAGTAGAGGTA...CAGTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGAGAAATTTATAAAATCTGCAGAAGATTTGGACAAGTTAAGAAATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101635 AAGAGAAATTTATAAAATCTGCAGAAGATTTGGACAAGTTAAGAAATGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140        ATGGATATTTGATGTTCCAGCAAGTGCCAATGGTTGAGATTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101685 A...AAGATGGATATTTGATGTTCCAGCAAGTGCCAATGGTTGAGATTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGGGATGAAGCTGGTGCAGACCAGAGCCATTCTCAACTACATTGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102997 TGGGATGAAGCTGGTGCAGACCAGAGCCATTCTCAACTACATTGCCAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATACAACCTCTATGGGAAAGACATAAAGGAGAGAGCCCT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103047 AATACAACCTCTATGGGAAAGACATAAAGGAGAGAGCCCTGTA...CAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATTGATATGTATATAGAAGGTATAGCAGATTTGGGTGAAATGATCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105003 ATTGATATGTATATAGAAGGTATAGCAGATTTGGGTGAAATGATCCTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTGCCCGTATGTCCACCTGAGGAAAAAGATGCCAAGCTTGCCTTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105053 TCTGCCCGTATGTCCACCTGAGGAAAAAGATGCCAAGCTTGCCTTGATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGAGAAAATAAAAAATCGCTACTTCCCTGCCTTTGAAAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105103 AAGAGAAAATAAAAAATCGCTACTTCCCTGCCTTTGAAAAAGTA...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTCTTAAAGAGCCATGGACAAGACTACCTTGTTGGCAACAAGCTGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106281 GTCTTAAAGAGCCATGGACAAGACTACCTTGTTGGCAACAAGCTGAGCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCTGACATTCATCTGGTGGAACTTCTCTACTACGTCGAGGAGCTTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106331 GGCTGACATTCATCTGGTGGAACTTCTCTACTACGTCGAGGAGCTTGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCAGTCTTATCTCCAGCTTCCCTCTGCTGAAG         GCCCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106381 CCAGTCTTATCTCCAGCTTCCCTCTGCTGAAGGTG...CAGGCCCTGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACCAGAATCAGCAACCTGCCCACAGTGAAGAAGTTTCTACAGCCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107297 ACCAGAATCAGCAACCTGCCCACAGTGAAGAAGTTTCTACAGCCTGGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCCAAGGAAGCCTCCCATGGATGAGAAATCTTTAGAAGAAGCAAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107347 CCCAAGGAAGCCTCCCATGGATGAGAAATCTTTAGAAGAAGCAAGGAAGA

    700     .    :
    656 TTTTCAGGTTT
        |||||||||||
 107397 TTTTCAGGTTT