seq1 = pF1KE5246.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KE5246/gi568815588f_104175224.tfa (gi568815588f:104175224_104399281), 224058 bp

>pF1KE5246 729
>gi568815588f:104175224_104399281 (Chr10)

1-34  (99693-99726)   100% ->
35-143  (100003-100111)   100% ->
144-366  (102671-102893)   100% ->
367-468  (104147-104248)   100% ->
469-575  (122355-122461)   100% ->
576-729  (123905-124058)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGGGGATGCGACCAGGACCCTGGGGAAAG         GAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  99693 ATGTCTGGGGATGCGACCAGGACCCTGGGGAAAGGTG...CAGGAAGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCCCCCAGGGCCAGTCCCGGAGGGGCTGATCCGCATCTACAGCATGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 GCCCCCAGGGCCAGTCCCGGAGGGGCTGATCCGCATCTACAGCATGAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTGCCCCTATTCTCACAGGACCCGCCTCGTCCTCAAGGCCAAAGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100060 TCTGCCCCTATTCTCACAGGACCCGCCTCGTCCTCAAGGCCAAAGACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AG         ACATGAAGTGGTCAACATTAACCTGAGAAACAAGCCTGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100110 AGGTG...AAGACATGAAGTGGTCAACATTAACCTGAGAAACAAGCCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATGGTACTATACAAAGCACCCTTTTGGCCACATTCCTGTCCTGGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102710 ATGGTACTATACAAAGCACCCTTTTGGCCACATTCCTGTCCTGGAGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCAATGTCAACTGATCTATGAATCTGTTATTGCTTGTGAGTACCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102760 GCCAATGTCAACTGATCTATGAATCTGTTATTGCTTGTGAGTACCTGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGCTTATCCAGGAAGGAAGCTGTTTCCATATGACCCTTATGAACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102810 GATGCTTATCCAGGAAGGAAGCTGTTTCCATATGACCCTTATGAACGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCGCCAAAAGATGTTATTGGAGCTATTTTGTAAG         GTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102860 TCGCCAAAAGATGTTATTGGAGCTATTTTGTAAGGTA...TAGGTCCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTTGACCAAGGAGTGCCTGGTAGCGTTGAGATGTGGGAGAGAATGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104154 ATTTGACCAAGGAGTGCCTGGTAGCGTTGAGATGTGGGAGAGAATGCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATCTGAAGGCAGCCCTGCGTCAGGAATTCAGCAACCTGGAAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104204 AATCTGAAGGCAGCCCTGCGTCAGGAATTCAGCAACCTGGAAGAGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     ATTCTTGAGTATCAGAACACCACCTTCTTTGGTGGAACCTGTATAT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104254 .TAGATTCTTGAGTATCAGAACACCACCTTCTTTGGTGGAACCTGTATAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCATGATTGATTACCTCCTCTGGCCCTGGTTTGAGCGGCTGGATGTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122401 CCATGATTGATTACCTCCTCTGGCCCTGGTTTGAGCGGCTGGATGTGTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGATACTGGA         CTGTGTGAGCCACACGCCAGCCCTGCGGCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 122451 GGGATACTGGAGTA...CAGCTGTGTGAGCCACACGCCAGCCCTGCGGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTGGATATCAGCCATGAAGTGGGACCCCACAGTCTGTGCTCTTCTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123935 CTGGATATCAGCCATGAAGTGGGACCCCACAGTCTGTGCTCTTCTCATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATAAGAGCATTTTCCAGGGCTTCTTGAATCTCTATTTTCAGAACAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123985 ATAAGAGCATTTTCCAGGGCTTCTTGAATCTCTATTTTCAGAACAACCCT

    750     .    :    .    :
    706 AATGCCTTTGACTTTGGGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||
 124035 AATGCCTTTGACTTTGGGCTGTGC