seq1 = pF1KE5243.tfa, 612 bp
seq2 = pF1KE5243/gi568815596f_191578615.tfa (gi568815596f:191578615_191785761), 207147 bp

>pF1KE5243 612
>gi568815596f:191578615_191785761 (Chr2)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-230  (100376-100514)   100% ->
231-302  (103332-103403)   100% ->
303-378  (105115-105190)   100% ->
379-445  (105616-105682)   100% ->
446-612  (106985-107151)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATAGGGTCAACGACCCACTTATTTTTATAAGAGATATTAAGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATAGGGTCAACGACCCACTTATTTTTATAAGAGATATTAAGCCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGAAAAACTTAAATGTCGTCTTTATTGTCCTGGAGATAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 ACTGAAAAACTTAAATGTCGTCTTTATTGTCCTGGAGATAGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GACGCGTGACCAAAACCAAAGACGGCCATGAAGTGAGATCGTGCAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100376 GACGCGTGACCAAAACCAAAGACGGCCATGAAGTGAGATCGTGCAAAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGATAAAACGGGCAGCATCACTATTTCCGTGTGGGATGAGATCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100426 GCAGATAAAACGGGCAGCATCACTATTTCCGTGTGGGATGAGATCGGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTTATACAGCCAGGGGATATTATTCGGTTGACCAGAGG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100476 TCTTATACAGCCAGGGGATATTATTCGGTTGACCAGAGGGTA...TAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGCATCCATGTGGAAAGGATGTCTGACACTTTATACTGGAAGGGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103334 ATGCATCCATGTGGAAAGGATGTCTGACACTTTATACTGGAAGGGGTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAACTTCAAAAAATTGGGGA         ATTTTGTATGGTTTATTCAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103384 GAACTTCAAAAAATTGGGGAGTA...CAGATTTTGTATGGTTTATTCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTGCCAAATTTCAGTGAACCCAACCCAGATTATCGAGGACAGCAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105136 AGTGCCAAATTTCAGTGAACCCAACCCAGATTATCGAGGACAGCAGAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGGG         GCACAGAGTGAACAGAAGAATAATTCCATGAATAGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105186 AAGGGGTA...TAGGCACAGAGTGAACAGAAGAATAATTCCATGAATAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATATGGGTACAGGTACATTTGGACCAGTGG         GAAATGGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105652 AATATGGGTACAGGTACATTTGGACCAGTGGGTA...TAGGAAATGGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCACACTGGCCCTGAATCAAGGGAACACCAGTTTTCACATGCTGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106995 TCACACTGGCCCTGAATCAAGGGAACACCAGTTTTCACATGCTGGCAGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCAATGGCCGGGGACTTATAAATCCACAACTACAAGGAACAGCTAGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107045 GCAATGGCCGGGGACTTATAAATCCACAACTACAAGGAACAGCTAGTAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAAACAGTGATGACCACAATAAGTAATGGCAGGGACCCTCGGAGAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107095 CAAACAGTGATGACCACAATAAGTAATGGCAGGGACCCTCGGAGAGCCTT

    650     .
    606 TAACAGA
        ||| |||
 107145 TAAAAGA