seq1 = pF1KE5242.tfa, 603 bp
seq2 = pF1KE5242/gi568815587f_47465623.tfa (gi568815587f:47465623_47671626), 206004 bp

>pF1KE5242 603
>gi568815587f:47465623_47671626 (Chr11)

1-174  (100001-100174)   100% ->
175-255  (100284-100364)   100% ->
256-447  (104078-104269)   100% ->
448-603  (105849-106004)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCACCGCGCTGCTGGAGGCCGGCCTGGCGCGGGTGCTCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCACCGCGCTGCTGGAGGCCGGCCTGGCGCGGGTGCTCTTCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGACGCTGCTCTACACCCTGTTCCGCGGGAAGGTGCCGGGTCGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGACGCTGCTCTACACCCTGTTCCGCGGGAAGGTGCCGGGTCGGGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCGGGACTGGTACCACCGCATCGACCCCACCGTGCTGCTGGGCGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCGGGACTGGTACCACCGCATCGACCCCACCGTGCTGCTGGGCGCGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGTTGCGGAGCTTGACGCGCCAG         CTGGTACAGGACGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100151 CCGTTGCGGAGCTTGACGCGCCAGGTG...CAGCTGGTACAGGACGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTGCGCGGGGTGATCACCATGAACGAGGAGTACGAGACGAGGTTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGTGCGCGGGGTGATCACCATGAACGAGGAGTACGAGACGAGGTTCCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAACTCTTCACAG         GAGTGGAAGAGACTAGGAGTCGAGCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCAACTCTTCACAGGTG...CAGGAGTGGAAGAGACTAGGAGTCGAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGCGGCTCAGCACAGTAGACATGACTGGGATCCCCACCTTGGACAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104105 CTGCGGCTCAGCACAGTAGACATGACTGGGATCCCCACCTTGGACAACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCAGAAGGGAGTCCAATTTGCTCTCAAGTACCAGTCGCTGGGCCAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104155 CCAGAAGGGAGTCCAATTTGCTCTCAAGTACCAGTCGCTGGGCCAGTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTTACGTGCATTGTAAGGCTGGGCGCTCCAGGAGTGCCACTATGGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104205 TTTACGTGCATTGTAAGGCTGGGCGCTCCAGGAGTGCCACTATGGTGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCATACCTGATTCAG         GTGCACAAATGGAGTCCAGAGGAGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104255 GCATACCTGATTCAGGTA...CAGGTGCACAAATGGAGTCCAGAGGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTAAGAGCCATCGCCAAGATCCGGTCATACATCCACATCAGGCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105875 TGTAAGAGCCATCGCCAAGATCCGGTCATACATCCACATCAGGCCTGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTGGATGTTCTTAAAGAGTTCCACAAGCAGATTACTGCACGGGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105925 AGCTGGATGTTCTTAAAGAGTTCCACAAGCAGATTACTGCACGGGCAACA

    600     .    :    .    :    .    :
    574 AAGGATGGGACTTTTGTCATTTCAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 105975 AAGGATGGGACTTTTGTCATTTCAAAGACA