seq1 = pF1KE5239.tfa, 768 bp
seq2 = pF1KE5239/gi568815578f_33137712.tfa (gi568815578f:33137712_33342524), 204813 bp

>pF1KE5239 768
>gi568815578f:33137712_33342524 (Chr20)

1-160  (100001-100160)   100% ->
161-320  (100344-100503)   100% ->
321-428  (102092-102199)   100% ->
429-581  (102522-102674)   100% ->
582-666  (103674-103758)   100% ->
667-730  (104345-104408)   100% ->
731-768  (104776-104813)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTCAAACTGGGGGCCTCATTGTCTTCTACGGGCTGTTAGCCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTCAAACTGGGGGCCTCATTGTCTTCTACGGGCTGTTAGCCCAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGGCCCAGTTTGGAGGCCTGCCCGTGCCCCTGGACCAGACCCTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGGCCCAGTTTGGAGGCCTGCCCGTGCCCCTGGACCAGACCCTGCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAATGTGAATCCAGCCCTGCCCTTGAGTCCCACAGGTCTTGCAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAATGTGAATCCAGCCCTGCCCTTGAGTCCCACAGGTCTTGCAGGAAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGACAAATG         CCCTCAGCAATGGCCTGCTGTCTGGGGGCCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTGACAAATGGTG...CAGCCCTCAGCAATGGCCTGCTGTCTGGGGGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTGGGCATTCTGGAAAACCTTCCGCTCCTGGACATCCTGAAGCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100375 GTTGGGCATTCTGGAAAACCTTCCGCTCCTGGACATCCTGAAGCCTGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGGTACTTCTGGTGGCCTCCTTGGGGGACTGCTTGGAAAAGTGACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100425 GAGGTACTTCTGGTGGCCTCCTTGGGGGACTGCTTGGAAAAGTGACGTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGATTCCTGGCCTGAACAACATCATTGA         CATAAAGGTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100475 GTGATTCCTGGCCTGAACAACATCATTGAGTG...CAGCATAAAGGTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACCCCCAGCTGCTGGAACTTGGCCTTGTGCAGAGCCCTGATGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102104 TGACCCCCAGCTGCTGGAACTTGGCCTTGTGCAGAGCCCTGATGGCCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTCTCTATGTCACCATCCCTCTCGGCATAAAGCTCCAAGTGAATAC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102154 GTCTCTATGTCACCATCCCTCTCGGCATAAAGCTCCAAGTGAATACGTG.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429      GCCCCTGGTCGGTGCAAGTCTGTTGAGGCTGGCTGTGAAGCTGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102204 ..CAGGCCCCTGGTCGGTGCAAGTCTGTTGAGGCTGGCTGTGAAGCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCACTGCAGAAATCTTAGCTGTGAGAGATAAGCAGGAGAGGATCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102567 CATCACTGCAGAAATCTTAGCTGTGAGAGATAAGCAGGAGAGGATCCACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGTCCTTGGTGACTGCACCCATTCCCCTGGAAGCCTGCAAATTTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102617 TGGTCCTTGGTGACTGCACCCATTCCCCTGGAAGCCTGCAAATTTCTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTTGATGG         ACTTGGCCCCCTCCCCATTCAAGGTCTTCTGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102667 CTTGATGGGTG...CAGACTTGGCCCCCTCCCCATTCAAGGTCTTCTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGCCTCACAGGGATCTTGAATAAAGTCCTGCCTGAGTTGGTTCAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103707 CAGCCTCACAGGGATCTTGAATAAAGTCCTGCCTGAGTTGGTTCAGGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AC         GTGTGCCCTCTGGTCAATGAGGTTCTCAGAGGCTTGGAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103757 ACGTA...CAGGTGTGCCCTCTGGTCAATGAGGTTCTCAGAGGCTTGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCACCCTGGTGCATGACATTGTTA         ACATGCTGATCCACGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104384 ATCACCCTGGTGCATGACATTGTTAGTA...TAGACATGCTGATCCACGG

    800     .    :    .    :
    747 ACTACAGTTTGTCATCAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||
 104792 ACTACAGTTTGTCATCAAGGTC